Klíčový rozdíl mezi LINE a SINE spočívá v tom, že LINE (dlouhé rozptýlené jaderné prvky) jsou typem delších retrotranspozonů bez LTR, zatímco SINE (krátké rozptýlené jaderné prvky) jsou typem mnohem kratších retrotranspozonů bez LTR.
Non-LTR retrotranspozony neobsahují dlouhé terminální repetice (LTR). Obsahují však geny pro reverzní transkriptázu, protein vázající RNA, nukleázu a H doménu ribonukleázy. Non-LTR retrotranspozony mají krátké repetice. Tyto repetice mají obrácené pořadí bází vedle sebe. Kromě toho, non-LTR retrotranspozony mají také přímé repetice nalezené v LRT transpozonech. Non-LTR retrotranspozony spadají do dvou kategorií jako LINES a SINEs.
Co jsou LINES?
LINES (dlouhé rozptýlené jaderné prvky) jsou delší retrotranspozony bez LTR. Jsou rozšířeny v genomech eukaryot. Obvykle tvoří 21,1 % lidského genomu. Každá LINE je dlouhá přibližně 7000 párů bází. LINE se mohou přepisovat do mRNA a překládat do proteinu, který může fungovat jako enzym reverzní transkriptázy. Tato reverzní transkriptáza vytváří kopie DNA LINEs RNA. Tyto kopie DNA mohou být integrovány do genomu na novém místě.
Obrázek 01: ČÁRY a SINES
Lidský genom má pouze jednu hojnou ŘÁDKU zvanou LINE-1. Prvek LINE-1 je dlouhý přibližně 6000 párů bází. V lidském genomu je asi 100 000 zkrácených prvků LINE-1. V LINE se může vyskytnout náhodná mutace. Kvůli náhodným mutacím mohou LINES degenerovat. Už se nepřepisují ani nepřekládají. Dále jsou LINE seskupeny do pěti hlavních skupin, jako jsou L1, RTE, R2, I a žokej. Těchto pět skupin se dále dělí na dalších 28 kladů.
LINES se normálně šíří prostřednictvím mechanismu zvaného cílově primovaný mechanismus reverzní transkripce (TPRT). Zavedení LINES způsobuje lidská onemocnění, jako je hemofilie A, rakovina, mendelovské poruchy atd. Hypomethylace LINE také spouští určité typy rakoviny.
Co jsou SINE?
SINE (krátké rozptýlené jaderné prvky) jsou typem mnohem kratších retrotranspozonů bez LTR. Jsou dlouhé asi 100 až 700 párů bází. SINE jsou také prvky DNA, které se samy amplifikují v eukaryotických genomech prostřednictvím meziproduktů RNA. SINE tvoří asi 13 % savčího genomu. Vnitřní oblasti SINE pocházejí z tRNA. Zůstává vysoce zachovalé. Často se vyskytují u mnoha druhů obratlovců a bezobratlých. Variace počtu kopií a mutace v SINE mohou být začleněny do konstrukce klasifikace druhů na základě fylogeneze.
SINE je možné seskupit do tří hlavních typů: CORE-SINE, V-SINE a AmnSINE. Element Alu je nejběžnějším SINE u primátů. Kromě toho existuje více než 50 lidských onemocnění spojených se zavedením SINE. Když se vloží do exonů nebo do jejich blízkosti, mohou způsobit nesprávný sestřih nebo změnit čtecí rámec. To vede k fenotypům onemocnění, jako je rakovina prsu, rakovina tlustého střeva, leukémie, hemofilie, cystická fibróza, rakovina tlustého střeva, Dentova choroba, neurofibromatóza atd.
Jaké jsou podobnosti mezi ŘÁDKY a SINE?
- LINE a SINE jsou dva typy retrotranspozonů bez LTR.
- Oba nemají dlouhé koncové oblasti (LTR).
- Oba se vyskytují převážně pouze u eukaryot.
- Oba jsou neautonomní.
Jaký je rozdíl mezi ŘÁDKY a SINE?
LINE jsou delší retrotranspozony bez LTR, zatímco SINE jsou mnohem kratší retrotranspozony bez LTR. To je tedy klíčový rozdíl mezi LINES a SINE. Kromě toho LINES kóduje enzym reverzní transkriptázy, zatímco SINE nekóduje enzym reverzní transkriptázy. To je tedy další rozdíl mezi LINES a SINE.
Další rozdíly mezi ŘÁDKY a SINE jsou uvedeny níže v tabulkové formě pro srovnání vedle sebe.
Shrnutí – LINEs vs. SINEs
Retrotranspozony se nacházejí hlavně u všech eukaryot, ale chybí u prokaryot. Přibližně 37 % lidského genomu obsahuje retrotranspozony. Retrotranspozony jsou hlavně dva typy: LTR a non-LTR retrotranspozony. Non-LTR retrotranspozony neobsahují dlouhé terminální repetice (LTR), které jsou přítomny v LTR retrotranspozonech. Non-LTR retrotranspozony se dále dělí do dvou kategorií: LINEs a SINE. LINE jsou delší retrotranspozony bez LTR, zatímco SINE jsou mnohem kratší retrotranspozony bez LTR. Toto je shrnutí rozdílu mezi LINES a SINE.
