Klíčový rozdíl – genotypování vs sekvenování
Genotypizace a sekvenování jsou dvě techniky prováděné za účelem získání informací o nukleových kyselinách, zejména DNA organismu. Klíčový rozdíl mezi genotypizací a sekvenováním je v tom, že genotypizace je proces určování genetické varianty jedince pomocí markerů, zatímco sekvenování je určení správného pořadí nukleotidové sekvence v daném fragmentu DNA.
Co je genotypizace?
Genotypizace je určení genetické výbavy jedince pomocí sekvence DNA a markerů a porovnání a identifikace jeho dědičnosti. Genotypizace je důležitá v evoluční biologii, populační biologii, taxonomii, ekologii a genetice organismů. Může být prováděna různými technikami včetně sekvenování DNA, polymerázové řetězové reakce, polymorfismu délky restrikčních fragmentů (RFLP), náhodné amplifikované polymorfní detekce, polymorfismu délky amplifikovaných fragmentů (AFLP), DNA mikročipů atd.
Genotypizace zahrnuje sekvenování jednotlivých malých fragmentů sekvencí DNA a nalezení příbuznosti genetického složení s jinými jedinci pomocí genetických markerů. Určuje jednonukleotidové polymorfismy (SNP) mezi jednotlivci nebo specifickými alelami. Genotypizace je použitelná pro širokou škálu organismů včetně člověka. Je také použitelný pro mikroorganismy, jako jsou viry, houby atd. a může být použit k určení jejich genetických variant s referenčními profily. V molekulární epidemiologii a forenzní mikrobiologii se kontrola patogenů, zejména mikroorganismů, provádí pomocí informací získaných z genotypizace. Genotypizace je velmi důležitá při analýze rodokmenu. Lidé jsou genotypizováni, aby potvrdili mateřství a otcovství. Genotyp odhalí dominantní a recesivní alely genů, které rozhodují o specifických vlastnostech.
Obrázek_1: RFLP Genotyping
Co je sekvenování?
Sekvenování je proces určení správného pořadí nukleotidu v daném fragmentu DNA nebo RNA. Prakticky všechny informace potřebné pro růst a vývoj organismu jsou zakódovány v jeho genomu. Dostupnost technik pro produkci a separaci fragmentů nukleových kyselin o délce několika set nukleotidů vedla k vývoji postupů pro stanovení přesné nukleotidové sekvence daného fragmentu DNA nebo RNA. Dnes jsou k dispozici různé typy sekvenačních metod. Tyto sekvenační metody, spolu s technologiemi pro konstrukci genomových knihoven reprezentujících celý genom organismu, usnadňují sekvenování celého genomu tohoto organismu, provádějí hloubkovou analýzu genových struktur, genových funkcí, umístění genů, genové exprese, genové mapování, genové regulační oblasti atd.
Celkové genomy mnoha virů, několika bakterií, archaebakterií, kvasinek a několika dalších organismů byly sekvenovány a zmapovány. Projekt lidského genomu umožnil sekvenovat a zmapovat celý lidský genom a publikovat jeho první návrh v roce 2003. Jde o významný milník v pokroku biologie. Sekvence lidského genomu se nyní používají v lékařském sektoru k identifikaci genetických příčin vzácných onemocnění, screeningu rizika onemocnění u novorozenců, identifikaci genetických detailů různých druhů rakoviny, vývoji nových terapeutik a vývoji nových diagnostických nástrojů atd.
V rostlinném světě byly sekvenovány genom rýže a genom Arabidopsis. Znalost těchto sekvencí nepochybně změní naše chápání toho, jak buňky a organismy fungují.
Obrázek_2: Autoradiograf sangerova sekvenování
Jaký je rozdíl mezi genotypizací a sekvenováním?
Genotypizace vs sekvenování |
|
| Genotypizace je proces určování genetického složení jedince a kontrola skupiny nebo taxonomie tohoto organismu. | Sekvenování je proces stanovení přesného pořadí nukleotidů daného fragmentu DNA nebo RNA. |
| Techniques | |
| RFLP, sekvenování genů, PCR, DNA microarrays, AFLP atd. | Sangerovo sekvenování, Gilbertovo sekvenování, pyrosekvenování, sekvenování nové generace, brokovnicové sekvenování atd. |
| Hlavní obavy | |
| Toto se týká spíše toho, zda genotypové rozdíly dávají skutečné fenotypové rozdíly. | Toto se týká spíše pořadí nukleotidů a jeho rozdílů a změn s jinými organismy. |
Shrnutí – Genotypování vs sekvenování
Genotypizace a sekvenování jsou užitečné pro studium genetické informace organismů. Genotypizace je proces určování genotypových variací mezi jednotlivci a hledání jejich kategorií. Sekvenování je proces stanovení správného pořadí nukleotidů v zainteresovaném fragmentu nebo oblasti DNA. Obě techniky poskytují důležité informace o genech a genomech.
