Klíčový rozdíl – Exome vs sekvenování RNA
Sekvenování nukleových kyselin je technika, která určuje pořadí nukleotidů v konkrétním fragmentu DNA nebo RNA organismu. Sekvenování je důležité při identifikaci DNA a RNA složení buňky a rozlišování určitých genů, které kódují funkční proteiny; takže sekvenování může být použito k pochopení mutací těchto genů a genových expresí. Sangerova sekvenační metoda nebo pokročilejší sekvenační metody nové generace jsou sekvenační metody, které se běžně používají. Sekvenování exomů je sekvenování kompletní sady exonů nebo kódujících oblastí DNA přítomných v organismu, zatímco sekvenování RNA je postup sekvenování ribonukleových kyselin (RNA). Toto je klíčový rozdíl mezi sekvenováním exomu a RNA.
Co je sekvenování Exome?
Exome je podmnožina genomu, která se skládá z kódujících genů konkrétního organismu. Kódující geny jsou pojmenovány jako exony a jsou transkribovány do mRNA a poté translatovány do aminokyselinových sekvencí. Během posttranskripčních modifikací mechanismus sestřihu RNA v eukaryotech odstraňuje introny (nekódující oblasti) a exony zůstávají. Existují dvě hlavní techniky, ve kterých se provádí sekvenování exomu: založené na řešení a založené na poli.
Při sekvenování exomu na bázi roztoku jsou vzorky DNA fragmentovány buď pomocí restrikčních enzymů, nebo mechanickou metodou a denaturovány teplem. V této technice se biotinylované oligonukleotidové sondy (návnady) používají k selektivní hybridizaci s cílovými oblastmi v genomu. Magnetické streptavidinové kuličky se používají pro krok vazby. Po navázání následuje promývací krok, kdy jsou nenavázané a necílené sekvence vymyty. Navázané cíle jsou poté amplifikovány pomocí polymerázové řetězové reakce (PCR) a poté jsou sekvenovány pomocí technik Sangerova sekvenování nebo sekvenování nové generace.
Obrázek 01: Sekvenování Exome
Metoda založená na poli je také podobná metodě založené na roztoku, kromě toho, že fragmenty DNA jsou zachyceny do mikročipu a poté následuje vazba a promývací kroky před sekvenováním.
Sekvenování exomu se používá v mnoha aplikacích, jako je genetická diagnostika nemocí, v genové terapii, při identifikaci nových genetických markerů, v zemědělství k identifikaci různých prospěšných agronomických vlastností a při šlechtění rostlin.
Co je sekvenování RNA?
Sekvenování RNA je založeno na transkriptomu, což jsou kompletní transkripty buňky. Klíčovými cíli sekvenování RNA je katalogizovat všechny druhy transkriptu, včetně mRNA, nekódující RNA a malé RNA, určit transkripční strukturu genů a kvantifikovat úrovně exprese každého transkriptu během vývoje. Během sekvenování RNA byly pro sekvenování zpočátku použity hybridizační technologie (což byly komplementární DNA odvozené ze zralých sekvencí mRNA). V současné době se pro sekvenování RNA používá přesnější a pokročilejší technika propustnosti.
Obrázek 02: Sekvenování RNA
Při sekvenování RNA se vzorek RNA, který může být celkovou RNA nebo frakcionovanou RNA, převede na svou komplementární DNA (cDNA) pomocí reverzní transkripce a připraví se knihovna cDNA. Každý fragment cDNA je připojen k adaptérům na obou stranách (sekvenování párového konce) nebo na jedné straně (sekvenování na jednom konci). Tyto označené sekvence jsou sekvenovány pomocí Sangerova sekvenování nebo nové generace, jako je sekvenování exomu.
Jaké jsou podobnosti mezi sekvenováním Exome a RNA?
- Krátké vybrané fragmenty nebo celý soubor DNA/RNA lze použít pro sekvenování Exome nebo RNA.
- Sekvenované fragmenty jsou zachovány v knihovnách.
- Lze použít sekvenování Sanger nebo Next Generation.
- Obě jsou sekvenační metody in vitro.
- Sekvenované fragmenty lze určit pomocí fluorescenčních značek.
Jaký je rozdíl mezi sekvenováním Exome a RNA?
Exome vs RNA sekvenování |
|
| Sekvenování exomu je sekvenování kompletní sady exonů nebo kódujících oblastí DNA přítomných v organismu. | Sekvenování RNA odkazuje na postup sekvenování ribonukleových kyselin (RNA); přepis. |
| Počáteční vzorek | |
| Genomická DNA je výchozí vzorek sekvenování exomu. | RNA je výchozí vzorek sekvenování RNA. |
| Složení | |
| Toto obsahuje pouze kódující oblasti celkové DNA známé jako exony | Toto obsahuje RNA-mRNA / transkriptom. |
| Sekvence | |
| Existují dvě hlavní metody sekvenování exomu; technologie založené na řešení a na poli. | Sekvenování RNA se provádí přípravou knihovny cDNA extrakcí celkové RNA nebo fragmentované RNA. |
Shrnutí – Exome vs RNA sekvenování
Exome je kompletní sada kódujících oblastí organismu a techniky zapojené do stanovení přesného nukleotidového pořadí Exome jsou známé jako sekvenování exomu. Sekvenování RNA je technika zapojená do určování pořadí nukleotidů RNA organismu. Toto je rozdíl mezi sekvenováním exomu a RNA.
Stáhnout PDF verzi Exome vs RNA Sequencing
Můžete si stáhnout PDF verzi tohoto článku a použít ji pro offline účely podle citace. Stáhněte si PDF verzi zde Rozdíl mezi sekvenováním Exome a RNA
