Klíčový rozdíl mezi cílenou a necílenou proteomikou je v tom, že cílená proteomika se zaměřuje na měření množství konkrétního proteinu, zatímco necílená proteomika se na konkrétní protein nezaměřuje.
Proteomika je rozsáhlá studie proteinů, jejich struktur a funkcí. Studuje celý proteinový komplement v buňce, tkáni nebo organismu za specifických podmínek. Existují dva typy proteomiky jako cílená proteomika a necílená proteomika.
Co je cílená proteomika?
Jak již název napovídá, cílená proteomika se zaměřuje na konkrétní protein nebo peptid v komplexní směsi proteinů pro analýzu. Poté analyzuje přítomnost a množství tohoto předem vybraného specifického proteinu. Tato metoda je možná pouze pro jeden vzorek nebo pro více vzorků. Tato metoda je vhodná i pro specifickou skupinu proteinů. Výsledkem jsou přesnější, kvantitativní a citlivější údaje. Hmotnostní spektrometrie ve spojení s cílenou proteomikou navíc poskytuje přesnější spolehlivá měření. Tato metoda využívá ke své analýze trojitý kvadrupólový hmotnostní spektrometr (QQQ).
Obrázek 01: Proteomika
Cílená proteomika je vhodná metoda, pokud chcete ověřit, zda je knockdown cíl skutečně sražen, nebo když chcete kvantifikovat konkrétní protein/peptid v krevním séru, mozkové tekutině nebo v buněčném lyzátu atd. použijte jej, pokud chcete zkontrolovat, zda je určitý protein rozdílně exprimován mezi vzorky nebo během experimentu s časovým průběhem.
Co je necílená proteomika?
Necílená proteomika, jak již název zmiňuje, se pro svou analýzu nezaměřuje na konkrétní protein nebo peptid. Discovery proteomics je jiný název pro necílenou proteomiku. Ve skutečnosti jde o „globálnější“analýzu. Obecně platí, že provádění necílené proteomiky je odpovědí na otázku „jaký protein nebo proteiny jsou v tomto vzorku nebo ve více vzorcích?“. Tato metoda není citlivá jako cílená proteomika. Ale může identifikovat a měřit mnoho proteinů včetně nových proteinů. Necílená proteomika může produkovat kvantitativní i kvalitativní měření.
Jaké jsou podobnosti mezi cílenou a necílenou proteomikou?
- Cílená i necílená proteomika měří proteiny ve vzorcích.
- Jsou důležité při analýze proteomu.
- Tyto metody využívají hmotnostní spektrometrii.
Jaký je rozdíl mezi cílenou a necílenou proteomikou?
Za prvé, cílená proteomika je stanovení přítomnosti a množství konkrétního proteinu nebo peptidu v komplexní směsi proteinů. Naproti tomu necílená proteomika je kvantitativní a kvalitativní studie proteinů přítomných ve vzorku nebo vzorcích bez cílení na konkrétní protein. Cílená proteomika se provádí s předem vybranými nebo cílenými proteiny, zatímco necílená proteomika se provádí za účelem zjištění typů proteinů v tomto vzorku. Kromě toho je cílená proteomika citlivější než necílená proteomika.
Shrnutí – cílená vs. necílená proteomika
Abych to shrnul, cílená a necílená proteomika jsou dva typy proteinových studií. Jak jejich názvy napovídají, cílená proteomika se zaměřuje na konkrétní protein, zatímco necílená proteomika se nezaměřuje na konkrétní protein. To je rozdíl mezi cílenou a necílenou proteomikou.
