Klíčový rozdíl mezi QTL a GWAS závisí na typu sekvencí použitých v analýze. QTL používá vazebné genové lokusy k analýze fenotypových rysů spojených s polygenní dědičností, zatímco GWAS používá celé genomové sekvence k analýze jednonukleotidových polymorfismů konkrétního stavu.
QTL mapy a GWAS hrají důležitou roli v genetických analýzách různých vlastností. Kromě toho jsou důležité při analýze různých chorobných stavů s neznámou etiologií. V obou technikách navíc hraje klíčovou roli sekvenování. Tyto techniky mohou být dále spojeny s jinými vysoce výkonnými technikami pro zvýšení přesnosti a preciznosti.
Co je QTL?
QTL znamená Quantitative Trait Locus. Je to oblast DNA spojená s fenotypovým znakem. Obecně QTL vyvolává polygenní účinky. Distribuce QTL se liší a počet QTL naznačuje stupeň variace konkrétního fenotypového znaku. Kromě toho obvykle kódují základní spojité rysy a ne jednotlivé rysy.
Po identifikaci oblastí QTL je důležité sekvenovat konkrétní oblast QTL. Kromě toho, aby se vyšetřování a výzkum usnadnil, sekvenování a ukládání sekvenčních dat společných oblastí QTL probíhá za účasti bioinformatiky. Tuto techniku nazýváme QTL mapování. Následně se vytvoří databáze se sekvencemi oblasti QTL.
Obrázek 01: QTL Scan
Aplikace QTL sekvencí navíc spoléhají hlavně na nástroj BLAST, kde lze určit sekvenční podobnost. Je důležitý při vyvozování vztahů mezi organismy. Dále je to důležité při určování složitosti konkrétního polygenního fenotypu. Také určuje vývoj konkrétní vlastnosti.
V současnosti je QTL analýza kombinována s dalšími vysoce výkonnými technikami, jako jsou DNA mikročipy. To je důležité při expresní analýze fenotypu. V současné době se vědci velmi zajímají o vývoj databáze QTL, protože oblasti QTL jsou zodpovědné za mnoho důležitých vlastností různých druhů.
Co je GWAS?
GWAS znamená Genome Wide Association Study. Týká se také celogenomových asociačních studií. Tyto studie se zaměřují především na observační studie. Analyzuje genetické varianty různých jedinců obvykle spojené s určitým rysem. Navíc je pro analýzu GWAS důležitý celý genom.
Obrázek 02: GWAS
GWAS je důležitým nástrojem při analýze jednonukleotidových polymorfismů spojených s různými chorobnými stavy. Toto je také srovnávací studie různých jednonukleotidových polymorfismů v široké populaci. Kromě toho je studijní vzorek GWAS velmi vysoký; proto má také formát průřezové kohortové studie.
Kromě toho proběhla první studie GWAS týkající se infarktu myokardu a analýzy genů spojených s infarktem myokardu. V současnosti hraje GWAS důležitou roli při určování genetického pozadí komplexních onemocnění s neznámou etiologií.
Jaké jsou podobnosti mezi QTL a GWAS?
- Při analýze se spoléhají na data sekvencí DNA.
- Oba jsou spojeny s genetickým pozadím různých postav.
- Kromě toho vyžadují bioinformatické nástroje k odvození a interpretaci výsledků.
- Provádí se na velkých populacích.
Jaký je rozdíl mezi QTL a GWAS?
QTL analyzuje fenotypové rysy spojené s polygenní dědičností pomocí spojených genových lokusů, zatímco GWAS analyzuje jednonukleotidové polymorfismy konkrétního stavu pomocí sekvencí celého genomu. Toto je klíčový rozdíl mezi QTL a GWAS. Mapování QTL je poměrně méně složitá technika než GWAS, protože vyžaduje sekvenování celého genomu.
Níže uvedená infografika shrnuje rozdíl mezi QTL a GWAS ve formě tabulky.
Shrnutí – QTL vs GWAS
Mapování QTL a GWAS hrají hlavní roli při určování genetického pozadí různých fenotypových znaků. Pomáhají také při analýze genetického pozadí různých onemocnění. Mapování QTL mapuje vazebné geny odpovědné za spojité znaky a také zahrnuje mapování genů polygenní dědičnosti. GWAS na druhé straně probíhá s analýzou celého genomu na jednonukleotidové polymorfismy. Navíc se to odehrává napříč větší populací. Toto je shrnutí rozdílu mezi QTL a GWAS.
