Klíčový rozdíl mezi konsenzuální PCR a pan PCR je v tom, že konsenzuální PCR se vždy zaměřuje na konzervované oblasti, zatímco Pan PCR se zaměřuje na variabilní oblasti k identifikaci různých kmenů skupiny
Polymerázová řetězová reakce (PCR) je technika amplifikace genu, která se skládá ze tří hlavních kroků, jako je denaturace, nasedání a extenze. To je široce používáno v diagnostice a molekulární identifikaci. Techniky Consensus PCR a Pan PCR jsou založeny na cílech primerů, které každý typ PCR používá.
Co je Consensus PCR?
Consensus PCR je technika PCR, která se zaměřuje na konzervovanou oblast pro konkrétní druhy nebo rody. Proto jsou pro amplifikaci vybrány vysoce konzervované oblasti. Prostřednictvím této metody lze identifikovat a rozlišit organismy na základě jejich konsenzu. Tato metoda identifikuje konzervovanou oblast pro konkrétní druh. Například oblast 16s rRNA bakterií zůstává konzervovanou oblastí mezi bakteriemi. Proto je pro amplifikaci vyžadována pouze jedna sada primerů. Ve většině případů lze pro konzervovanou oblast použít specifický univerzální primer.
Obrázek 01: Technika PCR
Podle konsensuální metody PCR lze odvodit druhovou charakterizaci a evoluční vztahy. Na základě amplifikační účinnosti konkrétního vzorku organismu lze také odvodit konsenzus organismu vůči skupině. Dále je ve fylogenetických studiích životně důležité provádění konsenzuální PCR. Umožňuje identifikaci druhu a interpretuje odchylku, kterou konkrétní organismus vykazuje z hlediska společného předka.
Co je Pan PCR?
Pan PCR je multiplexní režim PCR. V této technice jsou různé kmeny amplifikovány pomocí různých cílových primerů. Cíle však mohou být společnými cíli pro skupiny kmenů. V Pan PCR lze tedy použít více než dvě sady primerů najednou. Může probíhat v jedné zkumavkové reakční metodě nebo jako reakční metoda s více zkumavkami. Pan PCR je časově náročnější a složitější ve srovnání s konsenzuální PCR. Z tohoto důvodu může být interpretace výsledků PCR také složitější u Pan PCR.
Hlavní aplikace Pan PCR je v molekulární diagnostice. Umožňuje rozlišovat mezi různými kmeny druhu pomocí cílové amplifikace. Pan PCR je ideální technika k identifikaci různých kmenů jednoho druhu způsobujících onemocnění. Ve většině případů je automatizace technik Pan PCR pro různé zdravotní stavy velmi důležitá a je to spolehlivá a vysoce účinná technika.
Jaké jsou podobnosti mezi Consensus PCR a Pan PCR?
- Consensus PCR a Pan PCR jsou dva typy technik PCR.
- Oba postupy se řídí obecným třístupňovým postupem – denaturací, žíháním a prodlužováním.
- Používají primery, které jsou specifické pro cíl.
- Obě reakce probíhají v tepelném cyklovači.
- Tyto reakce lze automatizovat.
- Oba mohou být použity v molekulární diagnostice a identifikaci; přesnost se však liší.
- Tyto postupy vyžadují ověření.
Jaký je rozdíl mezi Consensus PCR a Pan PCR?
Jak Consensus, tak Pan PCR se řídí stejným rutinním postupem. Klíčový rozdíl mezi konsenzuální PCR a Pan PCR je však založen na cílových primerech, které každý postup využívá. Zatímco konsenzuální PCR vždy cílí na konzervované oblasti, Pan PCR se zaměřuje na variabilní oblasti k identifikaci různých kmenů skupiny. Kvůli tomuto rozdílu se liší protokoly návrhu primerů, počet použitých sad primerů a specifické aplikace.
Níže uvedená infografika shrnuje rozdíl mezi Consensus PCR a Pan PCR.
Shrnutí – Consensus PCR vs Pan PCR
PCR, představený společností Mulli, hraje důležitou revoluční roli v aplikacích molekulární biologie. Consensus a Pan PCR jsou dva typy PCR založené na jejich cílových oblastech primeru. Zatímco konsenzuální PCR se zaměřuje na konzervované oblasti, Pan PCR se zaměřuje na variabilní oblasti a hraje důležitou roli při identifikaci kmene. Kvůli tomuto základnímu rozdílu mezi konsenzuální PCR a Pan PCR se specifické funkce každého typu PCR také liší od fylogenetické analýzy přes molekulární charakterizaci až po molekulární diagnostiku.
