Klíčový rozdíl – upstream vs downstream DNA
Je důležité mít obecné znalosti o složení a struktuře DNA, abychom pochopili rozdíl mezi upstream a downstream DNA. DNA se skládá z polynukleotidových řetězců. Nukleotidy jsou stavební bloky, které vytvářejí polynukleotidové řetězce a každý nukleotid se skládá ze tří složek: pětiuhlíkového cukru, dusíkaté báze a fosfátové skupiny. Fosfátová skupina a OH skupina jsou připojeny k uhlíku v poloze 5' a uhlíku v poloze 3' molekuly cukru v nukleotidu. Nukleotidy jsou spojeny fosfodiesterovými vazbami vytvořenými mezi 5' fosfátovou skupinou jednoho nukleotidu a 3' OH skupinou sousedního nukleotidu. Pokud má polynukleotidový řetězec volnou 5' fosfátovou skupinu, je přiřazen jako 5' konec; pokud má volnou 3' OH skupinu, je přiřazena jako 3' konec. Řetězce DNA proto mají obvykle 5' a 3' konce podle koncových poloh polynukleotidových řetězců. DNA také existuje jako dvouvláknová forma. Dva prameny jsou vzájemně antiparalelní. Proto má DNA dvě vlákna, která probíhají ve směru od 5' do 3' a od 3' do 5'. Upstream a downstream DNA se odkazuje na transkripci a syntézu 5' až 3' řetězce mRNA. Pokud je DNA zvažována směrem k 5. konci kódujícího řetězce od místa iniciace transkripce, je známá jako upstream DNA. Pokud je DNA zvažována směrem ke 3' konci od kódujícího řetězce z místa iniciace transkripce, je známá jako downstream DNA. Toto je klíčový rozdíl mezi upstream a downstream DNA.
Co je Upstream DNA?
Gen je dědičnost strukturální a funkční jednotky, která se nachází na DNA organismu. Je uložen s instrukcemi ke konstrukci proteinu. Gen má specifickou oblast molekuly DNA. V případě potřeby se přepisuje a překládá na protein prostřednictvím syntézy vlákna mRNA. Normálně probíhá kódující řetězec genu od 5' do 3' směru. Když je transkribován, produkuje řetězec mRNA ve stejném směru 5' až 3'. Během transkripce slouží 3' až 5' antisense řetězec jako templátový řetězec a iniciuje syntézu mRNA. V genu je místo iniciace transkripce. S odkazem na místo iniciace transkripce je oblast DNA směrem k 5' konci kódujícího řetězce známá jako upstream DNA. Promotor genu je normálně umístěn v upstream oblasti DNA. V eukaryotických genech jsou TATA boxy, proximální elementy promotoru a zesilovače v oblasti před genem. Upstream oblast genu je označena zápornými čísly. Upstream DNA genu je pro transkripci nanejvýš důležitá.
Co je downstream DNA?
Místo iniciace transkripce je známé jako +1 bod genu. Oblast DNA od bodu +1 směrem ke 3' konci kódujícího řetězce je známá jako downstream DNA. Jinými slovy, downstream od genu je od místa iniciace transkripce směrem k 5' konci templátového vlákna. Proto downstream DNA genové oblasti zahrnuje transkripční jednotku a další sekvence, jako je terminátorová sekvence. Promotor může ovlivnit downstream sekvenci genu. Downstream část genu je označena kladnými čísly. Downstream DNA genu je skutečná oblast, která dává proteinový produkt.
Obrázek 01: Upstream a Downstream DNA
Jaký je rozdíl mezi Upstream a Downstream DNA?
Upstream vs downstream DNA |
|
| Oblast DNA směrem k 5' konci kódující sekvence od místa iniciace transkripce je známá jako upstream DNA. | DNA oblast směrem ke 3' konci kódujícího řetězce od místa iniciace transkripce je známá jako downstream DNA. |
| Elements | |
| Promotory a zesilovače jsou umístěny na upstream DNA | Trankripční jednotka a terminátorové sekvence jsou umístěny v downstream DNA. |
| Číslování | |
| Nukleotidy v oblasti proti proudu jsou označeny zápornými čísly | Nukleotidy jsou označovány kladnými čísly. |
| Function | |
| Tato oblast obsahuje prvky nezbytné k regulaci a zahájení transkripce | Tato oblast obsahuje instrukce k produkci proteinu a ukončení transkripce |
Shrnutí – Upstream vs downstream DNA
Je snadné identifikovat upstream a downstream od vlákna RNA. Pokud jde o referenční místo, oblast směrem k 5' konci řetězce RNA je známá jako upstream RNA, zatímco oblast směrem ke 3' konci je známá jako downstream RNA. V DNA však existují dvě vlákna, která probíhají v obou směrech 5' až 3' a 3' až 5'. Rozdíl mezi upstream a downstream DNA je tedy komplikovaný. Proto se rozlišuje s odkazem na transkripci genu. Od místa iniciace transkripce směrem k 5 konci sense vlákna je oblast DNA známá jako upstream DNA, zatímco od místa iniciace transkripce směrem ke 3' konci sense vlákna je známá jako downstream DNA. Toto je rozdíl mezi upstream a downstream DNA.
