Klíčový rozdíl – Exome vs. Transscriptome
Gen v sobě obsahuje kódující a nekódující oblasti. Kódující sekvence jsou známé jako exony a nekódující sekvence jsou známé jako introny. Nukleotidová sekvence exonů genu představuje genetický kód genu pro syntézu specifického proteinu. Exony tedy zůstávají v molekule mRNA. Celková exonová oblast genomu je známá jako exom a je důležitou součástí genomu. Genetický kód genů se převádí na genetický kód molekuly mRNA, která je potřebná pro tvorbu proteinu. Celé molekuly mRNA transkribované v buňce nebo buněčné populaci najednou jsou známé jako transkriptom. Klíčový rozdíl mezi exomem a transkriptomem je ten, že exom představuje sekvence oblastí exonu genomu, zatímco transkriptom představuje celkovou mRNA buňky nebo tkáně v daném čase.
Co je Exome?
Geny se skládají z exonů, intronů a regulačních sekvencí. Exony jsou genové oblasti, které se během transkripce přepisují do sekvence mRNA. Introny a další nekódující oblasti jsou během transkripce odstraněny. Nukleotidová sekvence exonů určuje genetický kód genu, který syntetizuje specifický protein, který kóduje. V mRNA proteinu zůstávají pouze exony. Soubor exonů v genomu je známý jako exom organismu. Představuje část genomu, která je vyjádřena v genech. U lidí tvoří exom 1 % z genomu. Je to část lidského genomu kódující protein.
Obrázek 01: Exome
Co je transkriptom?
Transkriptom je soubor všech protein-kódujících a nekódujících transkriptů (RNA) v dané tkáni. Transkriptom představuje soubor celkových molekul mRNA exprimovaných geny v buňce nebo tkáni. Transkriptom buňky se může měnit s transkriptomem jiného typu buňky. Transkriptom je také dynamický – mění se s časem v reakci na vnitřní i vnější podněty. Dokonce i ve stejné tkáni nebo ve stejném typu buňky se transkriptom může po několika minutách změnit.
Transcriptom se liší od exomu organismu. Transkriptom zahrnuje pouze vyjádřené exomové sekvence. Ačkoli exom buňky zůstává stejný, transkriptom se mezi buňkami liší, protože genová exprese není stejná pro všechny buňky nebo tkáně. V různých buňkách a tkáních jsou exprimovány pouze esenciální geny. Genová exprese je proces specifický pro tkáň nebo typ buňky. Je regulován různými faktory, včetně faktorů životního prostředí. Proto se transkriptom může lišit podle podmínek vnějšího prostředí.
Transcriptom se používá jako prekurzor pro proteomické studie. Všechny proteiny jsou odvozeny ze sekvencí mRNA. Translační modifikace mohou vést ke změnám v proteinech. Transkriptom však poskytuje důležité základní informace pro proteomické studie.
Obrázek 02: Transkriptom embryonálních kmenových buněk
Jaký je rozdíl mezi Exome a Transscriptome?
Exome vs Transscriptome |
|
| Exome je soubor oblastí genů kódujících protein. | Transcriptome je sbírka veškeré transkribované RNA včetně mRNA. |
| Ukázka | |
| Exome je studován pomocí vzorku DNA. | Transkriptom je studován pomocí vzorku RNA. |
| Studijní metoda | |
| Sekvenování celého exomu je metoda studia exomu. | Sekvenování RNA je metoda studia transkriptomu. |
Shrnutí – Exome vs Transscriptome
Exony jsou kódující sekvence genů a určují sekvence mRNA proteinů. Soubor těchto kódujících sekvencí (exonů) je známý jako exom organismu. Geny se přepisují do molekul mRNA před tvorbou proteinů. Celkové molekuly mRNA buňky nebo tkáně v jakémkoli daném čase jsou známé jako transkriptom. Transkriptom představuje geny, které jsou aktivně exprimovány do mRNA v jakémkoli daném čase. Transkriptom je buněčný a tkáňový a ovlivňuje podmínky prostředí. Toto je rozdíl mezi exomem a transkriptomem.
