Klíčový rozdíl mezi ITS1 a ITS2 je ten, že ITS1 je spacer DNA umístěný mezi 18S a 5.8S rRNA geny u eukaryot, zatímco ITS2 je spacer DNA umístěný mezi 5.8S a 28S rRNA geny u eukaryot.
Interní transkribovaný spacer (ITS) je spacer DNA obvykle umístěný mezi geny pro malou podjednotku ribozomální RNA a velkou podjednotku ribozomální RNA v chromozomu nebo v odpovídající transkribované oblasti v molekule transkriptu polycistronického prekurzoru rRNA. U bakterií a archeí existuje pouze jeden ITS mezi geny 16S a 23S rRNA. Ale v eukaryotech jsou dvě ITS spacer DNA: ITS1 (mezi 18S a 5.8S rRNA geny) a ITS2 (mezi 5,8S a 28S rRNA). Proto ITS1 a ITS2 jsou dvě spacer DNA nalezené mezi rRNA geny v eukaryotech.
Co je ITS1?
ITS1 je spacer DNA lokalizovaný mezi 18S a 5,8S rRNA geny v eukaryotech. ITS označuje kus nefunkční spacer DNA umístěný mezi rRNA geny. ITS1 má větší variaci délky než ITS2. Délka variace ITS1 je přibližně (200-300 bp). Markery ITS, jako je ITS1, prokázaly svou účinnost při objasňování fylogenetických vztahů mezi různými taxony. Navíc ITS1 spacer DNA je méně konzervovaný než ITS2 spacer DNA. Struktury ITS1 jsou zachovány pouze v mnohem menších taxonomických jednotkách. Každý eukaryotický ribozomální shluk také obsahuje oblasti zvané externí transkribované spacery (5' a 3' ETS).
Obrázek 01: ITS1 region
DNA spaceru ITS1 je velmi blízká 5’externímu transkribovanému spaceru (5’ ETS). Kromě toho, pokud chce někdo amplifikovat oblast ITS1 pro studie fylogenetických vztahů, musí pro tento účel použít specifický pár primerů (reverzní a dopředné primery). Pro amplifikaci oblasti ITS1 se v protokolech PCR v laboratořích běžně používají dvě sady primerů. Jsou to ITS1 vpřed a ITS2 vzad nebo ITS1 vpřed a ITS4 vzad.
Co je ITS2?
ITS2 je spacer DNA lokalizovaný mezi 5,8S a 28S rRNA geny v eukaryotech. Oblast ITS2 má kratší variaci délky než oblast ITS1. Délka variace ITS2 je přibližně (180-240 bp). Oblast ITS2 je však v mnoha taxonomických jednotkách více konzervovaná než oblast ITS1. Identifikuje, že všechny sekvence ITS2 sdílejí společné jádro sekundární struktury. Kromě toho je 40 % oblasti ITS2 zachováno mezi všemi krytosemennými rostlinami, přičemž je možné srovnat 50 % oblasti ITS2 napříč rodinou a vyšší úrovní.
Obrázek 02: ITS2 region
Bez ohledu na rozsah ochrany je použití oblasti ITS2 také velmi populární, jako je oblast ITS1 ve studiích fylogenetických vztahů, zejména v čárovém kódování fungální DNA. Pro amplifikaci oblasti ITS2 se v protokolech PCR v laboratořích obecně používá specifická sada primerů. To je ITS1 vpřed a ITS4 vzad. Ale když protokol PCR používá tuto sadu primerů, amplifikuje také oblast ITS1 spolu s oblastí ITS2. DNA spaceru ITS2 je navíc velmi blízko 3‘externímu transkribovanému spaceru (3‘ETS).
Podobnosti mezi ITS1 a ITS2
- ITS1 a ITS2 jsou dvě spacer DNA umístěné mezi geny rRNA.
- Jsou přítomny pouze v eukaryotech.
- Oba mohou být amplifikovány pomocí specifických párů primerů.
- Oba jsou vyříznuty při zrání rRNA jako nefunkční vedlejší produkty.
- Obojí je velmi důležité pro studie fylogenetických vztahů, zejména při čárovém kódování DNA hub.
Rozdíl mezi ITS1 a ITS2
ITS1 je spacer DNA přítomný mezi 18S a 5.8S rRNA geny u eukaryot, zatímco ITS2 je spacer DNA umístěný mezi 5.8S a 28S rRNA geny u eukaryot. Toto je klíčový rozdíl mezi ITS1 a ITS2. Kromě toho má ITS1 větší variaci délky ve srovnání s ITS2. Na druhou stranu má ITS2 ve srovnání s ITS1 kratší variaci délky. To je další rozdíl mezi ITS1 a ITS2.
Níže uvedená infografika uvádí rozdíly mezi ITS1 a ITS2 v tabulkové formě pro srovnání vedle sebe.
Shrnutí – ITS1 vs ITS2
Interní transkribovaná oblast (ITS) je nefunkční část spacer DNA umístěná mezi geny rRNA. U bakterií a archeí existuje pouze jedna oblast ITS. Ale v eukaryotech existují dvě oblasti ITS: ITS1 a ITS2. ITS1 je spacer DNA, který se nachází mezi 18S a 5,8S rRNA geny v eukaryotech, zatímco ITS2 je spacer DNA, který se nachází mezi 5,8S a 28S rRNA geny v eukaryotech. Toto je shrnutí rozdílu mezi ITS1 a ITS2.
