Klíčový rozdíl mezi barvením Coomassie a barvením stříbrem je v tom, že barvení coomassie je technika barvení proteinem, která využívá barvení coomassie brilantní modří, zatímco barvení stříbrem je technika barvení proteinem, která používá stříbrné barvení.
Separace a identifikace bílkovin jsou kritickými kroky v analýze proteomu. Po gelové elektroforéze potřebují charakterizaci proteinů s vysokým rozlišením. Existuje mnoho technik barvení, které zahrnují různá barviva, jako jsou aniontová barviva (coomassie brilantní modř), kationty kovů (imidazol-zinek), stříbrná barviva a fluorescenční barviva atd. Někdy lze také použít radioaktivní sondy. Výběr techniky barvení závisí na jednoduchosti, dostupnosti zobrazovacího zařízení v laboratoři atd.
Co je barvení Coomassie?
Coomassie barvení je technika barvení proteinů, která využívá barvení coomassie brilantní modří. Obecně se tomu říká technika coomassie blue. Coomassie brilantní modř je nejoblíbenější aniontové proteinové barvivo. Toto barvivo normálně barví téměř všechny proteiny s dobrou kvantitativní linearitou při střední citlivosti. Barvivo Coomassie brilantní modř se nespecificky váže na téměř všechny proteiny. Existují dvě různé varianty coomassie brilantní modři: R-250 a G-250. R-250 nabízí kratší doby barvení, zatímco G-250 je k dispozici v citlivějších a ekologicky šetrnějších formulacích.
Obrázek 01: Barvení Coomassie
Coomassie barviva jsou velmi populární ve studiích hmotnostní spektrometrie a studiích identifikace proteinů. Biologicky bezpečné barvivo coomassie je navíc zdravotně nezávadná formulace modři coomassie G-250, která je v současné době dostupná na trhu. Výhodou tohoto složení je, že k oplachování a odbarvování vyžaduje pouze vodu. Biologicky bezpečné barvivo coomassie nabízí citlivost ekvivalentní konvenční modři coomassie G-250, ale lepší než barvivo coomassie R-250. Navíc má jednodušší a rychlejší protokol barvení než konvenční modř Coomassie G-250. Nevýhodou barvení coomassie modří je, že je méně citlivé ve srovnání s barvením stříbrem. Barvení Coomassie modří je přibližně 50krát méně citlivé než barvení stříbrem. Vzhledem k jednoduchosti vazby je však v mnoha studiích preferován.
Co je barvení stříbrem?
Stříbrné barvení je technika barvení proteinem, která využívá stříbro. Barvení stříbrem se používá k barvení agarózových i polyakrylamidových gelů. Stříbrné barvení proteinu v agarózových gelech bylo poprvé vyvinuto v roce 1973 Kerenyi a Gallyas. Později byl upraven pro proteiny v polyakrylamidových gelech, které se používají v SDS-PAGE. V současnosti se barvení stříbrem používá i pro barvení DNA nebo RNA. Za účelem obarvení gelů se gely při této metodě inkubují s roztokem dusičnanu stříbrného. Stříbrné barvení barví místa, kde jsou přítomny proteiny, od hnědé po černou.
Obrázek 02: Stříbrné barvení
Intenzita barvení stříbrem závisí na primární struktuře proteinu. Kromě toho může čistota použitých nádob a čistota reagencií ovlivnit kvalitu barvení stříbrem. Nevýhodou barvení stříbrem je však to, že nedokáže detekovat všechny proteiny, zejména glykoproteiny a proteiny s velkými modifikovanými skupinami připojenými k jejich postranním řetězcům.
Jaké jsou podobnosti mezi Coomassie a barvením stříbrem?
- Coomassie a barvení stříbrem jsou dvě techniky používané při barvení proteinů.
- Dokážou obarvit jak proteiny, tak DNA.
- Obě techniky barvení mají své nevýhody.
- Tyto techniky mají podobné kroky, jako je fixace, barvení a odbarvování.
Jaký je rozdíl mezi Coomassie a stříbrným barvením?
Coomassie barvení je technika barvení proteinů, která využívá barvení coomassie brilantní modří, zatímco barvení sliver je technika barvení proteinů, která využívá barvení stříbrem. Toto je klíčový rozdíl mezi Coomassie a barvením stříbrem. Barvení Coomassie je navíc méně citlivé než barvení stříbrem.
Níže uvedená infografika uvádí rozdíly mezi Coomassie a barvením stříbrem v tabulkové formě pro srovnání vedle sebe.
Shrnutí – Coomassie vs Stříbrné barvení
K vizualizaci proteinů lze provést chemickou reakci navázání barviva nebo barviva specifickou pro protein. Tomu se říká barvení proteinů. Coomassie a barvení stříbrem jsou dvě techniky používané při barvení proteinů. Technika barvení Coomassie používá barvení brilantní modří Coomassie, zatímco barvení stříbrem používá barvení stříbrem. Toto je klíčový rozdíl mezi Coomassie a barvením stříbrem.
