Klíčový rozdíl – Probe vs Primer
Molekulární sonda je malý fragment DNA nebo RNA, který rozpoznává komplementární sekvence v DNA nebo RNA a umožňuje identifikaci cílové sekvence. Primer je malý úsek DNA nebo RNA, který slouží jako výchozí bod pro syntézu DNA. Primery a sondy hybridizují s komplementárními nukleotidy templátové DNA nebo cílové DNA. Klíčový rozdíl mezi sondou a primerem je však v tom, že primery jsou nezbytné pro replikaci DNA, zatímco sondy jsou nezbytné pro detekci specifických sekvencí ve vzorku DNA.
Co je to sonda?
Probe je malý fragment DNA nebo RNA používaný k detekci cílové DNA nebo RNA ve vzorku molekulární hybridizací. Jsou také známé jako molekulární markery. Délka sondy se může lišit (100 až 1000 bází) a nukleotidy sondy jsou komplementární k části cílové sekvence. Pro usnadnění detekce jsou sondy značeny radioaktivními izotopy nebo fluorescenčními barvivy nebo protilátkami. Sondy se vážou s komplementárními bázemi cílové sekvence a odhalují přítomnost cílové DNA nebo RNA ve vzorku. Existují dva hlavní způsoby značení sond: koncové značení a překlad přezdívek. Sondy jsou rozděleny do různých typů včetně DNA sond, RNA sond, cDNa sond a syntetických oligonukleotidových sond a připravují se různými technikami.
Sondy jsou důležitými nástroji v mnoha mikrobiálních a molekulárních oblastech, jako je virologie, forenzní patologie, testování otcovství, DNA fingerprinting, detekce genetických onemocnění, RFLP, molekulární cytogenetika, hybridizace in situ atd.
Obrázek 01: Fluorescenčně značená sonda použitá v FISH pro detekci patogenů
Co je primer?
Primer je krátký fragment DNA nebo RNA, který slouží jako iniciátor syntézy DNA. Enzym DNA polymeráza přidává nukleotidy do 3' OH skupiny sekvence primeru a syntetizuje nový řetězec komplementární k templátové DNA. Primery jsou velmi krátké fragmenty o délce 18 až 20 nukleotidů. Jsou chemicky syntetizovány v laboratoři pro in vitro DNA amplifikaci (PCR). Primery mohou mít libovolnou sekvenci nukleotidů, protože jsou navrženy uživatelem. Jsou syntetizovány tak, aby odpovídaly komplementárním bázím templátové DNA. Proto může mít libovolnou sekvenci nukleotidů. Primery jsou pro replikaci DNA nanejvýš důležité, protože DNA polymeráza nemůže syntetizovat novou DNA bez již existující části DNA. Při navrhování primerů pro PCR je třeba vzít v úvahu následující věci:
- Primery by měly obsahovat komplementární nukleotidy k přilehlému konci DNA, který se chce amplifikovat.
- Primery by měly mít teplotu tání mezi 55 – 65 0C
- Obsah G a C by měl být mezi 50 až 60 %.
V PCR se používají dva primery jako dopředný a reverzní pro replikaci obou řetězců DNA vzorku. Primery se běžně používají k provádění PCR a sekvenování DNA.
Obrázek 02: Žíhání primeru v PCR
Jaký je rozdíl mezi Probe a Primer?
Probe vs Primer |
|
| Sonda je malý fragment DNA/RNA používaný k detekci přítomnosti cílové sekvence ve vzorku molekulární hybridizací. | Primer je malý úsek DNA nebo RNA, který slouží jako výchozí bod pro replikaci DNA. |
| Function | |
| Tato detekuje přítomnost specifické sekvence ve vzorku DNA nebo RNA. | To funguje jako výchozí bod pro syntézu DNA. |
| Length | |
| Délka může být v rozmezí 100 – 1000 bází | Délka je obecně asi 18 – 20 základen |
| Vazba s komplementární sekvencí | |
| Sonda hybridizuje s komplementárními bázemi cílové sekvence | Primer žíhá s komplementárními bázemi řetězců DNA. |
| Označení | |
| Sondy jsou označeny pro snadnou detekci | Primery obecně nejsou označeny |
| Použití v PCR | |
| Sondy se v PCR nepoužívají | Primery se používají v PCR |
Shrnutí – Probe vs Primer
Probe je malý fragment sekvence DNA nebo RNA, který lze hybridizovat s komplementárními nukleotidy pro detekci cílové sekvence ve vzorku. Sondy jsou značeny radioaktivně, imunologicky nebo fluorescenčně, aby se zjistila přítomnost cílové sekvence. Primer je velmi malý fragment DNA nebo RNA, který působí jako výchozí bod pro in vitro amplifikaci DNA. DNA polymeráza identifikuje primer 3'OH skupiny a iniciuje stavbu nového vlákna komplementárního k templátu. Sondy a primery fungují podobně hybridizací s komplementárními nukleotidy. Klíčovým rozdílem mezi sondou a primerem je tedy jejich hlavní funkce.
