Klíčový rozdíl mezi motivem a doménou je v tom, že motiv není nezávisle stabilní, zatímco doména je nezávisle stabilní.
Proteiny jsou důležité biologické makromolekuly přítomné v našem těle. Na druhou stranu o aminokyselinové sekvenci proteinu rozhodne genetický kód genu. Kromě toho mají proteiny primární, sekundární a terciární struktury. Primární strukturou je aminokyselinová sekvence polypeptidového řetězce. Když se polypeptidové řetězce vzájemně skládají, tvoří sekundární strukturu proteinu. Alfa šroubovice, beta listy a supersekundární struktury patří k sekundárním strukturám. Určitá seskupení supersekundárních prvků jsou známá jako proteinové motivy. Terciární struktura proteinu se týká jeho trojrozměrné struktury, která rozhoduje o funkci proteinu. Doména je složená část molekuly proteinu, která je globulární a má diskrétní funkci. Je to základní funkční a trojrozměrná struktura proteinu.
Co je motiv?
Motiv je určité seskupení supersekundárních prvků proteinů, jako jsou alfa helixy a beta struktury. Jsou to jakési vzory přítomné v různých proteinech. Motivy popisují vzory skládání sekundárních strukturních prvků a jejich interakce. Tyto vzory skládání se stabilizují podobnými vazbami, které jsou přítomné v terciárních strukturách. Nejsou však tak složité jako terciární struktury.
Obrázek 01: Motiv
Jsou to jednoduché kombinace sekundárních struktur proteinů. Motiv není sám o sobě stabilní. Kromě toho motivy vysvětlují strukturu proteinu, ale nepředpovídají funkci proteinu. Příklady proteinových motivů jsou motiv beta-alfa-beta, motiv řeckého klíče, soudek beta, motiv beta-meandr atd.
Co je doména?
Doména je základní, funkční a trojrozměrná jednotka proteinu. Plní zvláštní funkci. Jeden protein může mít několik odlišných domén. Každá doména je samostatná jednotka. Je to kulovitá struktura. Je zodpovědný za konkrétní funkci nebo interakci. Domény mohou být použity k hypotéze funkce necharakterizovaného proteinu. Při analýze proteinu je nezbytné vzít v úvahu, protože domény jsou funkčními jednotkami proteinu.
Obrázek 02: Tři různé domény pyruvátkinázy
Domény jsou velmi stabilní a kompaktní struktury. Lze je snadno odlišit od ostatních regionů. Pyruvátkináza má tři rozlišující domény, jak je znázorněno na obrázku 02. Délka domény se může lišit a průměrná délka je 100 aminokyselin. Každá doména obsahuje hydrofobní jádro postavené ze sekundárních strukturních jednotek. Několik domén společně tvoří terciární strukturu proteinu.
Jaké jsou podobnosti mezi motivem a doménou?
- Motiv a doména jsou jednotky přítomné v samotných proteinových molekulách.
- Jsou užitečné při klasifikaci rodin proteinů.
Jaký je rozdíl mezi motivem a doménou?
Motif je určité seskupení supersekundárních prvků proteinů, jako jsou alfa helixy a beta struktury, zatímco doména je funkční jednotka proteinu. Kromě toho je motiv sekundární strukturou, zatímco doména je zodpovědná za terciární strukturu proteinu. Navíc doména je nezávislá jednotka, na rozdíl od motivu. Doména také znázorňuje funkci proteinu, zatímco motiv nikoliv. Toto jsou hlavní rozdíly mezi motivem a doménou. Níže uvedená infografika představuje rozdíl mezi motivem a doménou v tabulkové formě.
Shrnutí – motiv vs doména
Motiv je uspořádání sekundárních struktur molekuly proteinu. Na rozdíl od domény není obvykle stabilní sám o sobě. Doména je nezávisle stabilní struktura proteinu. Může se tedy jednat o částečnou nebo celou molekulu proteinu. Je to trojrozměrná základní funkční jednotka proteinu. Navíc má funkci a je to nezávislá jednotka. Motiv může být součástí domény. Doména však nemůže být součástí motivu. Toto je rozdíl mezi motivem a doménou.
