Klíčový rozdíl mezi syntenií a kolinearitou je v tom, že syntenie je fyzická společná lokalizace genetických lokusů na stejném chromozomu u druhů, zatímco kolinearita je fyzická společná lokalizace genetických lokusů na stejném chromozomu u různých druhů zachovávání stejná objednávka.
Syntenie a kolinearita jsou dva pojmy, které se v genomice používají zaměnitelně. Oba termíny popisují vzory lokalizace genů na chromozomech u různých druhů. Tato příbuzná uspořádání genů mezi taxony jsou cennou informací při odvozování společného původu genů. Synteny se týká fyzické společné lokalizace genetických lokusů na stejném chromozomu u druhů. Kolinearita se týká fyzické společné lokalizace genetických lokusů na stejném chromozomu u různých druhů zachovávajících stejné pořadí. Proto je to forma synteny.
Co je Synteny?
U různých druhů existuje soubor genů umístěných na stejném chromozomu. A tato fyzická společná lokalizace genů na stejném chromozomu u různých druhů je známá jako syntenie. Tyto geny se také nacházejí velmi blízko sebe na jediném chromozomu. Pořadí genů nemusí být nutně stejné. Ale lokalizace genů blízko sebe na stejném chromozomu probíhá v syntenii. Synteny tedy popisuje hlavně distribuční vzorec genů na chromozomu. Tyto vzorce společné lokalizace genů naznačují vztahy mezi různými druhy a jejich evoluci. Syntenie však může být narušena v důsledku chromozomálních přestaveb, jako jsou translokace, inverze a fúze chromozomů atd. duplikace, ztráta a nestejná homologní rekombinace.
Obrázek 01: Synteny
Předpokládá se, že všechny spojené geny jsou syntenické. Ne všechny syntenické geny jsou však nutně spojeny. Mají společné chromozomové sekvence. Lidé mají mnoho syntenických genů s jinými savci. Navíc mnoho obilovin má syntenické geny.
Co je kolinearita?
Kolinearita je specifičtější forma syntenie, ve které je sada genů umístěna na stejném chromozomu různých druhů ve stejném pořadí jako u rodových druhů. Pokud tedy existuje odchylka od kolinearity, bude to spolehlivější fylogenetický charakter, protože kolinearita vysvětluje sdílený původ genů.
Obrázek 02: Kolinearita
Analýza vícecestné kolinearity poskytuje mnohem spolehlivější informace o příbuzných druzích a jejich fylogenezi.
Jaké jsou podobnosti mezi Synteny a kolinearitou?
- V syntenii i kolinearitě je sada lokusů u dvou různých druhů umístěna na stejném chromozomu.
- Tyto termíny popisují fyzickou společnou lokalizaci genetických lokusů na stejném chromozomu.
- Kolinearita je specifičtější forma syntenie.
- Oba termíny se v genomice někdy používají zaměnitelně.
- Pokud mají dvě oblasti kolinearitu, jsou zjevně syntení.
- Jsou užitečné při odvozování fylogeneze.
Jaký je rozdíl mezi Synteny a kolinearitou?
Syntenie a kolinearita jsou dva pojmy, které se v genomice používají zaměnitelně. Synteny se týká fyzické společné lokalizace sady genů ve stejném chromozomu u různých druhů. Kolinearita je forma syntenie, ve které je sada genů ko-lokalizována ve stejném pořadí mezi různými druhy. Toto je tedy klíčový rozdíl mezi syntenií a kolinearitou.
Shrnutí – Synteny vs Kolinearita
Pojmy syntenie a kolinearita označují soubor genů, které se nacházejí na stejném chromozomu u různých druhů. Ve skutečnosti jsou tyto geny společně lokalizovány ve stejném chromozomu u různých druhů. Synteny popisuje fyzickou ko-lokalizaci sady genů na stejném chromozomu u různých druhů, zatímco kolinearita je specifičtější formou synteny, ve které je sada genů ko-lokalizována ve stejném pořadí. Toto shrnuje rozdíl mezi syntenií a kolinearitou.
