Klíčový rozdíl – AFLP vs RFLP
Studie DNA mají nesmírný význam pro pochopení a určování fylogenetických vztahů, diagnostiku genetických chorob a mapování genomů organismu. Několik technik spojených s analýzou DNA se také používá pro identifikaci konkrétního genu nebo sekvence DNA ve skupině neznámé DNA. Jsou známé jako molekulární markery. Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP) a Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) jsou dva takové molekulární markery (metody) vyvinuté v molekulární biologii k detekci genetických variací mezi organismy. Obě metody jsou stejně důležité a mají své výhody i nevýhody. Klíčový rozdíl mezi AFLP a RFLP je v tom, že AFLP zahrnuje selektivní PCR amplifikaci štěpené DNA, zatímco RFLP nezahrnuje selektivní PCR amplifikaci fragmentů DNA.
Co je AFLP?
AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism) je důležitým nástrojem v molekulární biologii a je široce používán v analýze genetických variací. AFLP je založena na specifické PCR amplifikaci fragmentované genomové DNA a detekci polymorfismu autoradiografy pomocí gelové elektroforézy. AFLP široce přispívá k identifikaci genetických rozdílů v kmenech nebo blízce příbuzných druzích různých říší včetně rostlin, zvířat, bakterií a hub. AFLP lze provést s malým množstvím neznámých vzorků DNA. Nevyžaduje předchozí znalost sekvence a navrhování sond.
Kroky AFLP
- Izolace DNA
- Štěpení DNA restrikčními endonukleázami
- Ligace omezených fragmentů DNA pomocí adaptérů
- Selektivní amplifikace fragmentů se specifickými restrikčními místy
- Separace produktů PCR gelovou elektroforézou
- Vizualizace gelové matrice autoradiografem
AFLP je citlivější a reprodukovatelná metoda, kterou lze použít při profilování DNA několika taxonů včetně hub, bakterií, rostlin a živočichů bez předchozí znalosti sekvencí DNA. Pomáhá při identifikaci nepatrných rozdílů mezi jednotlivci v populacích díky své vysoce citlivé povaze. AFLP je také důležitá při mapování genomu, forenzních studiích, rodičovském testování, genotypizaci atd.
Obrázek 01: AFLP
Co je RFLP?
Polymorfismy délky restrikčních fragmentů (RFLP) je technika, která se používá k detekci genetických variací v homologních sekvencích DNA. Je to první metoda vyvinutá pro profilování DNA. Organismy mají jedinečné otisky DNA nebo profily DNA. RFLP slouží jako důležitý nástroj pro analýzu variací mezi profily DNA vnitrodruhových nebo blízce příbuzných organismů, protože homologní sekvence mají různá restrikční místa (umístění), která jsou jedinečná pro konkrétní organismus. Když je homologní DNA štěpena specifickými restrikčními endonukleázami, bude to mít za následek různé profily DNA, které jsou jedinečné pro každého jedince. Principem této metody je tedy detekce genetických variací mezi organismy restrikcí homologní DNA specifickými restrikčními enzymy a analýza polymorfismu délky fragmentů pomocí gelové elektroforézy a blotu. Vzorce blotování jsou jedinečné pro každý organismus a charakterizují specifické genotypy.
Kroky RFLP
- Izolace dostatečného množství DNA ze vzorků
- Fragmentace vzorků DNA se specifickými restrikčními endonukleázami do krátké sekvence
- Separace výsledných fragmentů s různou délkou elektroforézou na agarózovém gelu.
- Přenos gelového profilu do membrány pomocí Southern blotting
- Hybridizace membrány se značenými sondami a analýza polymorfismu délky fragmentu v každém profilu
RFLP je velmi důležitá technika při zjišťování dědičnosti onemocnění a zjišťování rizika výskytu onemocnění mezi členy rodiny. RFLP se také často používá při mapování genomu, identifikaci zločinců ve forenzních studiích, testování otcovství atd. RFLP má také několik omezení. RFLP vyžaduje předchozí znalost sekvenčních dat pro navržení sond pro hybridizaci. Vyžaduje také izolaci dostatečného množství DNA ze vzorku k analýze, což je ve forenzních studiích obtížné.
Obrázek 01: Mapování RRFLP
Jaký je rozdíl mezi AFLP a RFLP?
ALFP vs RFLP |
|
| AFLP zahrnuje selektivní PCR amplifikaci natrávené DNA. | RFLP nezahrnuje PCR, pokud se nejedná o PCR-RFLP. |
| Sequence Knowledge | |
| Předchozí znalost sekvence není nutná. | K navržení sond RFLP je nutná předchozí znalost sekvence. |
| Spolehlivost | |
| Toto je spolehlivější. | Toto je méně spolehlivé ve srovnání s AFLP. |
| Účinnost při detekci polymorfismu | |
| Toto má vyšší účinnost při detekci polymorfismu než RFLP. | Toto je méně efektivní ve srovnání s AFLP. |
| Cena | |
| V porovnání s RFLP je to trochu drahé. | Toto je levnější ve srovnání s AFLP. |
| Aplikace | |
| AFLP byly aplikovány na mapování genomu, DNA fingerprinting, studie genetické diverzity, testování otcovství a forenzní analýzu | RFLP analýza je důležitým nástrojem při mapování genomu, lokalizaci genů pro genetické poruchy, stanovení rizika onemocnění a testování otcovství. |
Shrnutí – AFLP vs RFLP
AFLP a RFLP jsou dvě techniky používané jako genetické markery pro hodnocení diverzity a hodnocení genetických vztahů v molekulární biologii. AFLP slouží jako účinná a citlivá metoda pro detekci genetického polymorfismu mezi organismy než RFLP. Ačkoli však obě tyto metody mají různou účinnost při odhalování genetických variací, stále se používají pro snímání DNA otisků prstů a diagnostiku onemocnění.
