Klíčový rozdíl mezi konzervovanou a konsenzuální sekvencí je v tom, že konzervovaná sekvence označuje podobné sekvence nukleových kyselin nebo aminokyselin, které se vyskytují u různých nebo stejných druhů po generace, zatímco konsenzuální sekvence je běžně se vyskytující nukleotidová sekvence nebo nalezená aminokyselinová sekvence ve vysoce konzervované oblasti DNA nebo RNA nebo proteinu.
Organismy sdílejí podobné i odlišné vlastnosti. Při studiu vztahů mezi organismy a jejich klasifikaci je velmi důležitý genom nebo genetická výbava organismů. Existují některé nukleotidové nebo aminokyselinové sekvence, které jsou společné pro různé organismy. Konzervovaná sekvence je sekvence nukleové kyseliny nebo aminokyselinová sekvence, která je konzistentní mezi druhy. Proto jsou fylogeneticky důležité při generování fylogenetických stromů. V konzervovaných sekvencích existují specifické nukleotidové sekvence, které se vyskytují častěji. Jsou známé jako konsensuální sekvence.
Co je konzervovaná sekvence?
Konzervovaná sekvence je sekvence nukleové kyseliny nebo aminokyselinová sekvence, která je mezi druhy podobná. Proto je konzistentní napříč druhy po celou dobu evoluce. Obecně jsou tyto sekvence udržovány přirozeným výběrem. Zůstávají nezměněny daleko vzadu ve fylogenetickém stromu. Proto jsou konzervované sekvence důležité při konstrukci fylogenetických stromů. Předpokládá se, že vysoce konzervované sekvence mají často důležitou funkční hodnotu. Jsou také užitečné při identifikaci genetických onemocnění. Konzervované sekvence však mohou být kódující nebo nekódující sekvence nukleové kyseliny. Kromě toho konzervované sekvence vykazují pomalejší rychlost mutace. Vykazují tedy velmi minimální změny ve svém složení; někdy nevykazují změny napříč generacemi.
Obrázek 01: Konzervovaná sekvence
Složky RNA ribozomů jsou přítomny ve všech doménách života, sekvence homeoboxu v eukaryotech a tmRNA v bakteriích jsou několika příklady vysoce konzervovaných sekvencí. Identifikace konzervovaných sekvencí je snadná, když se použijí bioinformatické přístupy, zejména nástroj pro zarovnání sekvencí. Vícenásobné zarovnání sekvencí navíc usnadňuje vizualizaci konzervovaných sekvencí.
Co je konsensuální sekvence?
Konsenzuální sekvence je sekvence, která se běžně nachází v dané konzervované oblasti DNA nebo RNA. Je to velmi specifická nukleotidová sekvence. Jako příklad existuje konsenzuální sekvence na -10 jako TATAAT (Pribnow box) v promotorech E. coli, což jsou vysoce konzervované sekvence. Podobně existuje další konsenzuální sekvence: TTGACA v promotorech E. coli také na -35. Konsenzuální sekvence jsou také známé jako „boxy“.
Obrázek 02: Konsensuální sekvence
Kromě DNA a RNA mají proteiny také konsenzuální sekvence aminokyselin. Místa vázající proteiny jsou často reprezentována konsenzuálními sekvencemi. Restrikční enzymy mají také konsenzuální sekvence. Navíc místa sestřihu jsou také konsenzuální sekvence. Podobně jako u konzervovaných sekvencí lze konsenzuální sekvence vypočítat a vizualizovat pomocí bioinformatických nástrojů.
Jaké jsou podobnosti mezi konzervovanou a konsensuální sekvencí?
- Konzervované a konsenzuální sekvence jsou sekvence nukleových kyselin nebo aminokyselin, které jsou běžné u různých druhů.
- Jak konzervované, tak konsenzuální sekvence lze vizualizovat pomocí bioinformatických nástrojů.
- Široce se používají v molekulární biologii.
Jaký je rozdíl mezi konzervovanou a konsensuální sekvencí?
Konzervovaná sekvence je sekvence nukleové kyseliny nebo aminokyselinová sekvence, která je konzistentní mezi druhy, zatímco konsenzuální sekvence jsou velmi specifické a běžně se vyskytující báze nebo aminokyseliny v dané konzervované oblasti. Toto je klíčový rozdíl mezi konzervovanou a konsenzuální sekvencí. Kromě toho je dalším rozdílem mezi konzervovanou a konsenzuální sekvencí to, že konzervované sekvence jsou fylogeneticky důležité, zatímco konsenzuální sekvence jsou často místa vázající proteiny, místa sestřihu, místa štěpení restrikčních enzymů atd.
Shrnutí – konzervovaná vs. konsensuální sekvence
Konzervované sekvence jsou sekvence nukleových kyselin nebo proteinů, které jsou podobné mezi živými druhy. Promotor, vazebné místo pro ribozom, počátek replikace a aminokyselinová sekvence histonového proteinu jsou několika příklady konzervovaných sekvencí. Naproti tomu konsenzuální sekvence jsou specifické báze nebo aminokyseliny, které se běžněji nacházejí v dané konzervované sekvenci. -10 box, -35 box promotoru E. coli, vazebná místa pro proteiny, místa sestřihu a místa rozpoznávající restrikční enzymy jsou několik příkladů konsenzuálních sekvencí. Toto je shrnutí rozdílu mezi konzervovanou a konsensuální sekvencí.
