Klíčový rozdíl mezi Shine Dalgarno a Kozakovou sekvencí je ten, že Shine Dalgarnova sekvence je ribozomální vazebné místo v bakteriální a archaální messenger RNA, zatímco Kozakova sekvence je místo iniciace proteinové translace ve většině eukaryotických messenger RNA.
Shine Dalgarnova a Kozakova sekvence jsou dvě konsenzuální sekvence, které jsou velmi důležité pro iniciaci translace. V molekulární biologii je translace proces, kterým ribozomy v cytoplazmě po procesu transkripce syntetizují proteiny. Při translaci je mRNA (messenger RNA) dekódována v ribozomu za vzniku specifického řetězce aminokyselin mimo jádro. Ribozom typicky indukuje dekódovací proces usnadněním vazby komplementárních tRNA antikodonových sekvencí na mRNA kodony. Překlad probíhá ve třech fázích: zahájení, prodloužení a ukončení.
Co je Shine Dalgarno Sequence?
Shine Dalgarno sekvence je ribozomální vazebné místo v bakteriální a archaální messenger RNA. Obecně se nachází kolem 8 bází proti směru transkripce od startovacího kodonu AUG. Tato sekvence RNA pomáhá při získávání ribozomů do messenger RNA zarovnáním ribozomu se startovacím kodonem mRNA. Spouští tedy syntézu bílkovin. Jakmile po náboru, tRNA může přidat aminokyseliny v sekvenci, jak je diktováno kodony mRNA. Tato speciální sekvence je běžná u bakterií, ale vzácnější u archaea. Kromě toho je také přítomen v chloroplastech a mitochondriálních transkriptech. Sekvence Shine Dalgarno byla poprvé navržena australskými vědci Johnem Shinem a Lynn Dalgarno. Šestibázová konsenzuální sekvence je AGGAGG. Například u Escherichia coli je sekvence AGGAGGU.
Obrázek 01: Shine Dalgarno Sequence
Výběr iniciačního místa (AUG) závisí na interakci mezi podjednotkou 30S ribozomu a templátem mRNA. Oblast bohatá na pyrimidin na složce 16srRNA podjednotky 30S se váže na oblast bohatou na puriny známou jako sekvence Shine Dalgarno proti směru transkripce od iniciačního kodonu AUG v mRNA. Kromě toho se během tvorby iniciačního komplexu tyto komplementární nukleotidové sekvence párují za vzniku dvouvláknové struktury RNA. To usnadňuje vazbu mRNA na ribozom takovým způsobem, že iniciační kodon je umístěn na P místě ribozomu.
Co je Kozakova sekvence?
Kozak sekvence je místo iniciace translace proteinu ve většině eukaryotických mRNA. Tato sekvence se také nazývá Kozakova konsenzuální sekvence. Kozakova sekvence je optimální sekvencí pro zahájení translace u eukaryot. Tato sekvence je integrálním aspektem regulace proteinů. Je také velmi důležitý pro celkové zdraví buněk. Pomáhá opravit proteinovou translaci z genetických zpráv tím, že zprostředkuje sestavení ribozomů a iniciaci translace.
Obrázek 02: Kozakova sekvence
Tato sekvence byla pojmenována po vědkyni, která ji objevila, Marilyn Kozak. Objevila to prostřednictvím podrobné analýzy genomových sekvencí DNA. Kozakova sekvence je 5' (gcc) gccRccAUGG-3'. Velká písmena označují konzervované základy, zatímco malá písmena označují běžné proměnné základny. R označuje purin (adenin nebo guanin), který je vždy umístěn v tomto místě.
Jaké jsou podobnosti mezi Shine Dalgarno a Kozakovou sekvencí?
- Shine Dalgarno a Kozak sekvence jsou dvě konsensuální sekvence, které jsou velmi důležité při zahájení translace.
- Obě jsou sekvence RNA.
- Menší podjednotka ribozomu se váže na obě sekvence.
- Obě sekvence zprostředkovávají správné sestavení ribozomu a iniciaci translace.
- Jsou nedílnou součástí regulace bílkovin a celkového buněčného zdraví.
Jaký je rozdíl mezi Shine Dalgarno a Kozakovou sekvencí?
Shine Dalgarno sekvence je ribozomální vazebné místo nacházející se v bakteriální a archaální messenger RNA, zatímco Kozakova sekvence je místo iniciace proteinové translace nacházející se ve většině eukaryotických messenger RNA. Toto je klíčový rozdíl mezi sekvencí Shine Dalgarno a Kozak. Sekvence Shine Dalgarno je navíc 5'AGGAGGU3', zatímco sekvence Kozaka je 5' (gcc) gccRccAUGG-3'.
Následující infografika uvádí rozdíly mezi sekvencí Shine Dalgarno a Kozak v tabulkové formě pro srovnání vedle sebe.
Shrnutí – Shine Dalgarno vs Kozak Sequence
Shine Dalgarno a Kozak sekvence jsou dvě konsensuální RNA sekvence, které jsou velmi důležité pro sestavení ribozomů a iniciaci translace. Shine Dalgarno sekvence je ribozomální vazebné místo v bakteriální a archaální messenger RNA, zatímco Kozakova sekvence je místo iniciace proteinové translace ve většině eukaryotických messenger RNA. Toto shrnuje rozdíl mezi Shine Dalgarnem a Kozakovou sekvencí.
