Klíčový rozdíl mezi linkerem a adaptérem je v tom, že linker nemá soudržné konce, zatímco adaptér má jeden soudržný konec.
DNA ligace je proces spojení dvou molekul DNA dohromady za vytvoření fosfodiesterových vazeb. Enzym zvaný DNA ligáza katalyzuje tuto reakci. Je to jeden z kritických kroků v moderních molekulárně biologických oborech, jako je technologie rekombinantní DNA a klonování DNA. Účinnost ligace závisí na koncích molekul DNA, které mají být ligovány. Existují dva typy konců DNA jako lepkavé konce a tupé konce. Účinnost ligace je vysoká u lepivých konců než u tupých konců. Pokud mají cílové molekuly DNA tupé konce, budou užitečné molekuly nazývané adaptéry nebo linkery. Adaptéry a linkery jsou chemicky syntetizované molekuly oligonukleotidů, které pomáhají při ligaci DNA. Mají také vnitřní restrikční místa. Adaptér má jeden lepivý konec a jeden tupý konec, zatímco linker má dva tupé konce.
Co je to linker?
Linker je chemicky syntetizovaná oligonukleotidová sekvence, která je dvouvláknová. Linker má dva tupé konce. Linker se používá k ligaci molekul DNA, které mají tupé konce, k vektorům. Obsahuje jedno nebo více vnitřních restrikčních míst. Tato restrikční místa fungují jako rozpoznávací místa pro restrikční enzymy.
Obrázek 01: Linker
Po ligaci je DNA znovu omezena restrikčními enzymy, aby se vytvořily soudržné konce. EcoRI-linkery a sal-I linkery jsou běžně používané linkery.
Co je to adaptér?
Adaptér je dvouvláknová oligonukleotidová sekvence používaná ke spojení dvou molekul DNA dohromady. Je to krátká sekvence s jedním tupým koncem a jedním lepivým nebo soudržným koncem. Proto se skládá z jednovláknového ocasu na jednom konci, který zvyšuje účinnost ligace DNA.
Obrázek 02: Ligace DNA pomocí adaptéru
Adaptér má navíc interní omezovací místa. Proto po ligaci může být DNA restrikována vhodnými restrikčními enzymy, aby se vytvořil nový vyčnívající konec. Jednou nevýhodou adaptérů je, že dva adaptéry mohou tvořit stmívače spárováním základny se sebou samými. Tomu se lze vyhnout léčbou enzymem zvaným alkalická fosfatáza.
Jaké jsou podobnosti mezi linkerem a adaptérem?
- Linker i adaptér jsou dvouvláknové krátké oligonukleotidové sekvence.
- Obsahují interní omezovací stránky.
- Navíc jsou to chemicky syntetizované molekuly DNA a jsou to syntetické molekuly.
- Dokážou spojit dvě molekuly DNA dohromady.
- Po ligaci linkerů a adaptérů je DNA opět restrikována restrikčními enzymy, aby se vytvořily lepivé konce.
Jaký je rozdíl mezi linkerem a adaptérem?
Linker je chemicky syntetizovaný krátký oligonukleotidový duplex se dvěma tupými konci. Adaptér je chemicky syntetizovaný krátký oligonukleotidový duplex s jedním lepkavým koncem a jedním tupým koncem. Toto je klíčový rozdíl mezi linkerem a adaptérem. Navíc adaptéry mohou tvořit dimery, zatímco linkery netvoří dimery. Toto je další významný rozdíl mezi linkerem a adaptérem.
Níže je shrnutí rozdílů mezi linkerem a adaptérem ve formě tabulky.
Shrnutí – Linker vs Adaptor
Linker a adaptér jsou dva typy chemicky syntetizovaných oligonukleotidů, které jsou užitečné při ligaci DNA s tupými konci. Linker má dva tupé konce, zatímco adaptér má jeden tupý konec a jeden soudržný konec. Toto je klíčový rozdíl mezi linkerem a adaptérem. Jsou to dvouvláknové molekuly, které mají vnitřní restrikční místa. Jsou široce používány v technologii rekombinantní DNA a klonování DNA.
