Klíčový rozdíl mezi CGH a čipem CGH je v tom, že CGH je tradiční molekulární cytogenetická metoda pro analýzu variací počtu kopií v DNA testovaného vzorku, který má nižší rozlišení, zatímco čipová CGH je plně automatizovaná molekulární cytogenetická metoda pro analýza odchylek počtu kopií v DNA testovacího vzorku, který má vyšší rozlišení.
CGH a array CGH jsou dvě techniky pro detekci odchylek v počtu kopií u jednotlivců. Variace počtu kopií se týká částí genomu, které se opakují. Počet kopií se mezi jednotlivci liší. Variace počtu kopií se obecně dělí do dvou skupin: krátké opakování a dlouhé opakování. Jedním z nejznámějších příkladů krátké variace počtu kopií je opakování trinukleotidu CAG v genu huntingtin. To způsobuje neurologickou poruchu zvanou huntingtin. Nejlepším příkladem variace počtu kopií s dlouhými repeticemi je gen alfa amylázy, který způsobuje inzulínovou rezistenci. Variace počtu kopií lze detekovat technikami, jako je FISH, CGH a array CGH.
Co je CGH?
CGH je tradiční molekulární cytogenetická metoda pro analýzu variací počtu kopií v DNA testovaného vzorku ve srovnání s referenčním vzorkem. Má nižší rozlišení ve srovnání s automatizovanými technikami. Cílem této techniky je rychle a efektivně porovnat dva vzorky genomové DNA, které pocházejí z různých zdrojů.
Obrázek 01: CGH
Postup zahrnuje izolaci DNA ze dvou zdrojů: test a reference. Dalším krokem je nezávislé značení testovaných a referenčních vzorků DNA fluorofory různých barev. Později byly dva vzorky DNA denaturovány, aby se získaly vzorky jednovláknové DNA. Nakonec byla provedena hybridizace dvou výsledných vzorků DNA v poměru 1:1 k normálnímu metafázovému šíření chromozomů. Chromozomální rozdíly lze identifikovat mezi těmito dvěma zdroji pomocí fluorescenčního mikroskopu a počítačového softwaru. Kromě toho je technika CGH schopna detekovat pouze nevyvážené chromozomální abnormality.
Co je Array CGH?
Array CGH je plně automatizovaná molekulární cytogenetická metoda pro analýzu variací počtu kopií v DNA testovaného vzorku ve srovnání s referenčním vzorkem. Má vyšší rozlišení a byl vyvinut s cílem minimalizovat omezení tradičního CGH. Pole CGH kombinuje principy CGH s použitím microarrays. Namísto použití metafázového šíření chromozomů tato metoda používá jako cíle sklíčka seskupená s malými segmenty DNA. Tyto mikročipy byly vyrobeny nanesením a imobilizací malého množství DNA (sond) na pevný skleněný podklad. Velikost sond se může lišit od oligonukleotidu po umělý bakteriální chromozom.
Obrázek 02: Pole CGH
Bez ohledu na sondy je základní metoda pole CGH podobná CGH. Jakmile jsou sondy obsahující microarray připraveny, dva vzorky DNA (testovací a referenční) označené fluorofory různých barev se smíchají a přidají do microarray. Protože DNA ve vzorcích je jednovláknová v důsledku denaturace, tato DNA hybridizuje s uspořádanými jednovláknovými sondami. Pomocí digitálního zobrazovacího systému je možné identifikovat chromozomální rozdíly mezi těmito dvěma zdroji.
Jaké jsou podobnosti mezi CGH a Array CGH?
- CGH a pole CGH jsou dvě techniky pro detekci variací počtu kopií.
- Jsou to molekulární cytogenetické metody.
- Obě metody diagnostikují nevyvážené chromozomální abnormality.
- Fluorofory jsou součástí obou metod.
- Obě metody lze použít k detekci genetických poruch způsobených odchylkami v počtu kopií.
- Široce se používají ve srovnávací genomické analýze.
Jaký je rozdíl mezi CGH a Array CGH?
CGH je tradiční molekulární cytogenetická metoda pro analýzu variací počtu kopií v DNA testovaného vzorku, která má nižší rozlišení, zatímco array CGH je plně automatizovaná molekulární cytogenetická metoda pro analýzu variací v počtu kopií v DNA testovaného vzorku která má vyšší rozlišení. Toto je klíčový rozdíl mezi CGH a polem CGH. Navíc v CGH testovací a referenční vzorky DNA hybridizují s normálním metafázovým šířením chromozomů, ale v čipu CGH testovací a referenční vzorky DNA hybridizují s imobilizovanými DNA sondami obsahujícími microarray.
Níže uvedená infografika uvádí rozdíly mezi CGH a polem CGH v tabulkové formě pro srovnání vedle sebe.
Shrnutí – CGH vs. Array CGH
CGH a array CGH jsou dvě molekulární cytogenetické techniky k detekci nevyvážených chromozomálních abnormalit. Jsou široce používány ve srovnávací genomové analýze. CGH je tradiční molekulární cytogenetická metoda pro analýzu kolísání počtu kopií v DNA testovaného vzorku, který má nižší rozlišení. Naproti tomu pole CGH je plně automatizovaná molekulární cytogenetická metoda pro analýzu kolísání počtu kopií v DNA testovaného vzorku, který má vyšší rozlišení. Toto shrnuje rozdíl mezi CGH a polem CGH.
