Klíčový rozdíl mezi FISH a CGH je v tom, že FISH je molekulární technika, která detekuje specifickou sekvenci DNA na chromozomu pomocí fluorescenčně značených sond, zatímco CGH je další molekulární cytogenetická technika, která detekuje změny v genomové DNA.
Cytogenetická analýza hraje důležitou roli v medicíně při zjišťování chromozomálních abnormalit, jako jsou aneuploidie, delece, duplikace, přestavby atd. Chromozomální abnormality nakonec vedou ke genetickým onemocněním, jako je rakovina, neplodnost, Downův syndrom, Klinefelterův syndrom, Turnerův syndrom syndrom, leukémie atd. K detekci výše uvedených defektů a onemocnění existují různé molekulárně cytogenetické metody. Mezi nimi jsou FISH (fluorescenční hybridizace in situ) a CGH (srovnávací genomová hybridizace) dvě silné hybridizační techniky. Obě metody však mají své pro a proti.
Co je to RYBA?
FISH je technika hybridizace nukleových kyselin prováděná na části nebo části tkáně, v celé tkáni nebo buňkách. Je to metoda založená na sondě. Technika závisí na teorii Watson Crickova komplementárního párování bází, jehož výsledkem jsou buď hybridy DNA – DNA nebo hybridy DNA – RNA, které tak mohou detekovat mutované geny nebo mohou identifikovat požadovaný gen. Dále tato technika používá jednovláknové sekvence DNA, dvouvláknové sekvence DNA, jednovláknové sekvence RNA nebo syntetické oligonukleotidy připravené pomocí translace nick jako sond, které jsou komplementární k požadovaným genovým sekvencím. Kromě toho je nejdůležitějším rysem této techniky značení sond fluorescenčními barvivy. Sondy se tedy vážou s komplementárními částmi chromozomu a usnadňují detekci.
Navíc je FISH vysoce citlivá a specifická metoda. Jde tedy o běžnou techniku jak ve výzkumu, tak v diagnostice hematologických malignit a solidních nádorů. Ale FISH ukazuje nízké rozlišení. K navržení sekvencí sondy také vyžaduje předchozí znalost cílové abnormality.
Obrázek 01: RYBY
Existuje mnoho aplikací FISH, zejména v molekulární diagnostice infekčních onemocnění k identifikaci přítomnosti patogenů a potvrzení patogenu prostřednictvím molekulární diagnostiky. Kromě toho je FISH běžně používanou technikou v oblasti vývojové biologie, karyotypizace a fylogenetické analýzy a fyzického mapování chromozomů.
Co je CGH?
Komparativní genomová hybridizace (CGH) je další molekulární cytogenetická technika založená na DNA, která dokáže detekovat změny sekvencí genomové DNA. Tato metoda je pokročilou metodou, která dokáže analyzovat chromozomové a genové modifikace k detekci změn nebo alterací v sekvencích genomové DNA. Dále CGH vyžaduje izolaci a fragmentaci DNA z experimentálního vzorku a referenčního vzorku. Poté by měly být vzorky označeny pomocí dvou různých fluorescenčních barviv (obvykle červené a zelené). Později se oba vzorky smíchají a umožní se kompetitivní hybridizace. Posledním krokem je analýza vzorků na změny v DNA, jako je duplikace genu, ztráta genu atd. Zejména se měří rozdíly v počtu kopií DNA mezi testovaným vzorkem a kontrolním vzorkem.
Obrázek 02: CGH
Nyní je k dispozici další verze CGH; je to pokročilejší metoda než normální CGH. Je to technika zvaná CGH na bázi pole nebo aCGH. aCGH umožňuje přesnou identifikaci genových nebo sekvenčních delecí v mnoha tisících sekvencí v jediném experimentu.
Jaké jsou podobnosti mezi FISH a CGH?
- FISH a CGH jsou dvě molekulární techniky.
- Jak FISH, tak CGH spoléhají na hybridizaci nukleových kyselin.
- Obě techniky také potřebují navržené sondy pro detekci specifických cílů DNA.
- Používáme je pro prenatální a postnatální diagnostiku genetických onemocnění.
- Kromě toho jsou FISH i CGH velmi mocné nástroje pro studium genomických změn.
- K označení sond používají fluorescenční barviva.
Jaký je rozdíl mezi FISH a CGH?
FISH je hybridizační postup in situ, který využívá fluorescenční sondy k detekci specifických sekvencí DNA, zatímco CGH je technika molekulární hybridizace, která detekuje změny sekvencí genomové DNA. Toto je klíčový rozdíl mezi FISH a CGH.
Kromě toho FISH vyžaduje předchozí znalost cílové abnormality pro návrh sekvencí sondy, zatímco CGH nevyžaduje předchozí znalosti. Dalším rozdílem mezi FISH a CGH je také to, že FISH vykazuje omezené rozlišení, zatímco aCGH ukazuje vysoké rozlišení.
Níže uvedená infografika shrnuje rozdíl mezi FISH a CGH.
Shrnutí – FISH vs CGH
FISH a CGH jsou dvě molekulární cytogenetické techniky, které usnadňují detekci požadovaných genových sekvencí. FISH usnadňuje detekci specifické sekvence DNA na chromozomu pomocí fluorescenčně značených sond, zatímco CGH usnadňuje detekci změn v genomové DNA. Toto je klíčový rozdíl mezi FISH a CGH.
