Klíčový rozdíl – Alpha Helix vs Beta Pleated Sheet
Alfa šroubovice a beta plisované listy jsou dvě nejčastěji se vyskytující sekundární struktury v polypeptidovém řetězci. Tyto dvě strukturální složky jsou prvními hlavními kroky v procesu skládání polypeptidového řetězce. Klíčový rozdíl mezi Alpha Helix a Beta Pleated Sheet je v jejich struktuře; mají dva různé tvary pro konkrétní práci.
Co je Alpha Helix?
Alfa šroubovice je pravotočivá spirála aminokyselinových zbytků na polypeptidovém řetězci. Rozsah aminokyselinových zbytků se může lišit od 4 do 40 zbytků. Vodíkové vazby vytvořené mezi kyslíkem skupiny C=O na horní cívce a vodíkem skupiny N-H spodní cívky pomáhají držet cívku pohromadě. Výše uvedeným způsobem se vytvoří vodíková vazba na každé čtyři aminokyselinové zbytky v řetězci. Tento jednotný vzor mu dává určité vlastnosti, jako je tloušťka cívky a určuje délku každého úplného otočení podél osy šroubovice. Stabilita struktury alfa šroubovice závisí na několika faktorech.
Atomy O červeně, atomy N modře a vodíkové vazby jako zelené tečkované čáry
Co je beta plisovaný list?
Beta plisovaný list, také známý jako beta list, je považován za druhou formu sekundární struktury v proteinech. Obsahuje beta vlákna, která jsou bočně spojena minimálně dvěma nebo třemi hlavními vodíkovými můstky, aby vytvořily zkroucený skládaný list, jak je znázorněno na obrázku. Beta vlákno je úsek polypeptidového řetězce; jeho délka je obecně rovna 3 až 10 aminokyselinám, včetně páteře v rozšířeném potvrzení.
4-vláknový antiparalelní fragment β listu z krystalové struktury enzymu katalázy.
a) zobrazující antiparalelní vodíkové vazby (tečkované) mezi skupinami NH a CO na sousedních vláknech. Šipky označují směr řetězce a obrysy elektronové hustoty naznačují atomy, které nejsou H. O atomy jsou červené kuličky, atomy N jsou modré a atomy H jsou pro jednoduchost vynechány; postranní řetězce jsou zobrazeny pouze k prvnímu postrannímu řetězci atomu C (zelená)
b) Pohled z boku na střední dva β prameny
V beta skládaných listech běží polypeptidové řetězce vedle sebe. Díky vlnovitému vzhledu struktury dostává název „skládaný plech“. Jsou spolu spojeny vodíkovými vazbami. Tato struktura umožňuje vytvoření více vodíkových vazeb natažením polypeptidového řetězce.
Jaký je rozdíl mezi Alpha Helix a Beta Pleated Sheet?
Struktura Alpha Helix a Beta plisovaného listu
Alpha Helix:
V této struktuře je polypeptidová páteř pevně svázána kolem imaginární osy jako spirální struktura. Je také známé jako spirálovité uspořádání peptidového řetězce.
K vytvoření struktury alfa helixu dochází, když jsou polypeptidové řetězce stočeny do spirály. To umožňuje všem aminokyselinám v řetězci tvořit vodíkové vazby (vazba mezi molekulou kyslíku a molekulou vodíku) mezi sebou. Vodíkové vazby umožňují šroubovici držet spirálový tvar a poskytují těsnou cívku. Tento spirálovitý tvar činí alfa šroubovici velmi silnou.
Vodíkové vazby jsou označeny žlutými tečkami.
Beta plisovaný list:
Když se dva nebo více fragmentů polypeptidového řetězce (řetězců) vzájemně překrývají a tvoří mezi sebou řadu vodíkových vazeb, lze nalézt následující struktury. Může se to stát dvěma způsoby; paralelní uspořádání a antiparalelní uspořádání.
Příklady struktury:
Alpha Helix: Jako příklad struktury alfa helixu lze vzít nehty na rukou nebo nohou.
Beta plisované prostěradlo: Struktura peří je podobná struktuře beta plisovaného prostěradla.
Vlastnosti struktury:
Alfa šroubovice: Ve struktuře alfa šroubovice je 3,6 aminokyselin na otáčku šroubovice. Všechny peptidové vazby jsou trans a planární a skupiny N-H v peptidových vazbách směřují stejným směrem, který je přibližně rovnoběžný s osou šroubovice. Skupiny C=O všech peptidových vazeb směřují opačným směrem a jsou rovnoběžné s osou šroubovice. Skupina C=O každé peptidové vazby je navázána na skupinu N-H peptidové vazby tvořící vodíkovou vazbu. Všechny R-skupiny směřují ven ze šroubovice.
Beta skládaný list: Každá peptidová vazba v beta plisovaném listu je rovinná a má trans-konformaci. Skupiny C=O a N-H peptidových vazeb ze sousedních řetězců jsou ve stejné rovině a směřují k sobě a tvoří mezi nimi vodíkové vazby. Všechny R-skupiny v jakémkoli řetězci se mohou alternativně vyskytovat nad a pod rovinou listu.
Definice:
Sekundární struktura: Je to tvar skládacího proteinu v důsledku vodíkové vazby mezi jeho amidovými a karbonylovými skupinami v páteři.
