Klíčový rozdíl mezi hierarchickým a celogenomovým sekvenováním brokovnic je v tom, že při hierarchickém sekvenování brokovnic je genom před sekvenováním rozbit na větší fragmenty, zatímco v celogenomovém brokovnicovém sekvenování je celý genom rozdělen na malé fragmenty pro sekvenování.
Sekvenování je důležitou technikou v molekulárních procesech, zejména při přesné identifikaci druhů. Ve skutečnosti je to technika identifikace přesného pořadí nukleotidů v genu nebo genomu. Existuje mnoho technik pro sekvenování. Některé z nich zahrnují metodu Maxama Gilberta, Sangerovu metodu a automatizovanou Sangerovu metodu.
Co je hierarchické řazení brokovnic?
Hierarchické sekvenování brokovnic je jednou z metod sekvenování. Nazývá se také „sekvenování shora dolů“. Dále se tato metoda skládá ze dvou kroků: prvním krokem je amplifikace genomu a druhým krokem je fragmentace genomu. Při této metodě je genom nejprve rozřezán na velké fragmenty. Následuje klonování těchto velkých fragmentů do různých hostitelů pomocí vektorů nebo umělých chromozomů. Poté jsou tyto rekombinantní vektory uspořádány do knihovny. Během sekvenování pomocí brokovnice se klony rekombinantního vektoru sekvenují jednotlivě. Fragmenty v klonech procházejí restrikčním štěpením, aby se dále zmenšila velikost genomu, a tím procházely sekvenováním.
Obrázek 01: Hierarchické řazení brokovnice
Během hierarchického sekvenování brokovnice musí být velké kusy fragmentů uspořádány v pořadí před sekvenováním brokovnice. Probíhá s pomocí molekulárních markerů, které jsou začleněny během procesu klonování.
Hierarchické sekvenování brokovnice vytváří mapu genů s nízkým rozlišením. Ale vytváří uspořádanou sekvenční mapu. Trvá tedy déle než přímé sekvenování. Celý proces se zdržuje kvůli vytvoření knihovny rekombinantních vektorů. Je to také technika náročná na práci. V současné době je však tato technika automatizovaná, aby práci usnadnila.
Co je sekvenování celé genomové brokovnice?
Sekvenování celého genomu brokovnicí je jednokrokový sekvenační proces. V tomto procesu nejprve probíhá stříhání celého genomu. Poté se každý z těchto malých fragmentů náhodně sekvenuje. Po dokončení sekvenování se provede analýza sekvencí. Během sekvenční analýzy jsou překrývající se sekvence odstraněny a analýza není uspořádaným procesem. Proto je sestavování sekvencí méně efektivní proces ve srovnání s hierarchickým sekvenováním brokovnic. Proces celogenomového sekvenování brokovnice je však rychlejší a analýza celého genomu může probíhat v jediném případě.
Jaké jsou podobnosti mezi hierarchickým a celogenomovým sekvenováním brokovnic?
- Hierarchické a celogenomové brokovnicové sekvenování jsou dva sekvenační přístupy.
- Oba podstupují Sangerovo sekvenování nebo automatizované Sangerovy sekvenační metody.
- Podílejí se na sekvenování fragmentů DNA a RNA.
- Obě metody jsou navíc důležité pro molekulární diagnostiku a výzkumné účely.
- V současnosti jsou obě techniky automatizované nebo založené na počítači.
- Obě techniky spoléhají na fragmentaci genomu.
Jaký je rozdíl mezi hierarchickým a celogenomovým sekvenováním brokovnic?
Hierarchické sekvenování brokovnic generuje fragmenty větší velikosti ve srovnání s celogenomovým sekvenováním brokovnic, které pracuje s malými fragmenty sekvencí. Toto je klíčový rozdíl mezi hierarchickým a celogenomovým sekvenováním brokovnic. Kromě toho se hierarchické sekvenování brokovnic skládá ze dvou hlavních kroků, zatímco sekvenování celogenomových brokovnic se opírá o jeden hlavní krok.
Další rozdíl mezi hierarchickým a celogenomovým sekvenováním brokovnic je v tom, že rozlišení je vyšší u celogenomového sekvenování brokovnic ve srovnání s hierarchickým sekvenováním brokovnic.
Níže uvedená infografika shrnuje rozdíl mezi hierarchickým a celogenomovým sekvenováním brokovnic.
Shrnutí – Hierarchické vs. sekvenování brokovnice s celým genomem
Hierarchické a celogenomové brokovnicové sekvenování jsou dvě techniky pro sekvenování velkých genomů. Hierarchická sekvence brokovnice je dvoustupňový proces sekvenování, kdy je genom rozbit na větší fragmenty. Naproti tomu celogenomové brokovnicové sekvenování je jednokrokové sekvenování, kdy je genom rozbit na malé fragmenty a přímo sekvenován. Toto je klíčový rozdíl mezi hierarchickým a celogenomovým sekvenováním brokovnic. Technické aspekty se navíc mohou u obou technik lišit.
