Klíčový rozdíl mezi primerem a promotorem je v tom, že primer je komerčně syntetizovaná krátká sekvence DNA, která se používá v PCR pro amplifikaci cílové sekvence DNA, zatímco promotor je specifická sekvence DNA, která poskytuje bezpečné počáteční vazebné místo pro RNA polymeráza a transkripční faktory k zahájení transkripce.
Primer a promotor jsou dva typy sekvencí DNA. Primer je malý fragment DNA potřebný pro polymerázovou řetězovou reakci (PCR). Má krátké nukleotidové sekvence komplementární k přilehlému konci řetězce DNA. Existují dva typy primerů a fungují jako výchozí body pro syntézu nových řetězců DNA. Naproti tomu promotor je specifická sekvence DNA umístěná proti směru transkripce iniciačního místa genu. Přímo interaguje se složkami transkripčního mechanismu, jako je RNA polymeráza a transkripční faktory, aby řídil transkripci DNA. Proto se RNA polymeráza a další transkripční faktory vážou na promotorovou sekvenci a iniciují transkripci.
Co je primer?
Primery jsou krátké sekvence DNA navržené pro amplifikaci cílových sekvencí DNA. Strukturálně mají krátké nukleotidové sekvence komplementární k lemujícím koncům dvouřetězců DNA. Obvykle jsou dlouhé kolem 20 nukleotidů. Během PCR Taq polymeráza katalyzuje přidání nukleotidů do již existující nukleotidové sekvence. Primery tedy slouží jako výchozí body pro syntézu nových vláken. Taq polymeráza působí pouze ve směru 5' až 3'. Syntéza DNA tedy také probíhá ve stejném směru 5' až 3'. Protože DNA je dvouvláknová, jsou v PCR potřeba dva typy primerů. Jsou známé jako dopředný primer a reverzní primer, na základě směru prodlužování primeru během syntézy DNA.
Obrázek 01: Základní nátěry
Dopředný primer nasedá s antisense řetězcem DNA a iniciuje syntézu + řetězce genu ve směru 5' až 3'. Má krátkou nukleotidovou sekvenci, která je komplementární k 3' přilehlému konci antisense vlákna. Reverzní primer nasedá se sense vláknem a iniciuje syntézu komplementárního vlákna kódujícího vlákna, což je – vlákno genu ve směru 5' až 3'. Reverzní primer je tedy navržen jako komplementární k 3' konci kódujícího řetězce. Jak reverzní, tak dopředné primery jsou důležité pro produkci milionů až miliard kopií konkrétních oblastí DNA, která je cílená nebo zainteresovaná.
Co je to pořadatel?
Promotor je sekvence DNA umístěná proti směru transkripce nebo na 5′ konci místa iniciace transkripce genu. Poskytuje vazebné místo pro RNA polymerázu a určité regulační prvky za účelem zahájení transkripce genu. Je to regulační sekvence potřebná pro zapnutí nebo vypnutí genu. V promotoru je specifická nukleotidová sekvence. Může mít 100–1000 párů bází. Promotor ukazuje směr transkripce. Navíc označuje smyslový řetězec, který by měl být přepsán.
Obrázek 02: Promotor genu
Existují tři typy promotorových prvků jako jádrový promotor, proximální promotor a distální promotor. Jádrový promotor je minimální část promotoru potřebná k zahájení transkripce. Nachází se nejblíže ke startovacímu kodonu. TATA box je konzervovaná oblast nalezená v mnoha eukaryotických promotorech jádra. Nachází se 25 až 35 párů bází proti směru transkripce od místa startu transkripce. Proximální promotor se nachází více upstream k jádrovému promotoru. Obecně se nachází 250 párů bází proti směru od startovacího kodonu a obsahuje primární regulační prvky. Distální promotor se nachází upstream k proximálnímu promotoru a obsahuje další regulační prvky. Bakteriální promotory mají ve svých promotorech dva krátké sekvenční prvky. TATAAT je konsenzuální sekvence umístěná v -10 bakteriálního promotoru, zatímco TTGACA je konsenzuální sekvence v -35. Jsou známé jako -10 prvků a -35 prvků.
Jaké jsou podobnosti mezi primerem a promotérem?
- Primer a promotor jsou dva typy sekvencí DNA.
- Skládají se z nukleotidových sekvencí.
- Primer i promotor jsou důležité pro genovou expresi.
Jaký je rozdíl mezi primerem a promotérem?
Primer je krátká nukleotidová sekvence určená pro amplifikaci cílové DNA. Naproti tomu promotor je specifická regulační sekvence DNA nacházející se proti směru transkripce iniciačního místa genu. Toto je klíčový rozdíl mezi primerem a promotorem. Primery jsou dlouhé asi 20 párů bází, zatímco promotor může mít 100 až 1000 párů bází. Funkčně slouží primery jako výchozí sekvence pro syntézu nového vlákna, zatímco promotory řídí transkripci genu tím, že poskytují vazebná místa pro RNA polymerázu a další transkripční faktory.
Promotor je navíc definován jako směr transkripce a označuje sense řetězec genu. Strukturně je primer krátká jednovláknová sekvence DNA, zatímco promotor je dlouhá dvouvláknová sekvence DNA.
Níže uvedená informační grafika uvádí další srovnání související s rozdílem mezi primerem a promotorem.
Shrnutí – Primer vs. Promotér
Primery jsou krátké nukleotidové sekvence komplementární k lemujícím koncům dvouvlákna cílové DNA. V PCR se používají dva typy primerů. Slouží jako výchozí sekvence pro syntézu nových vláken. Primery jsou komerčně navrženy a jedná se o teplotně stabilní sekvence. Na druhé straně je promotorem regulační sekvence genu umístěného proti směru transkripce od místa iniciace transkripce. Promotory řídí transkripci genů. Poskytují vazebná místa pro RNA polymerázu a transkripční faktory pro zahájení transkripce. Toto je shrnutí rozdílu mezi primerem a promotorem.
