Klíčový rozdíl mezi CDS a ORF je ten, že CDS je skutečná nukleotidová sekvence genu, která se překládá na protein, zatímco ORF je úsek sekvence DNA, který začíná místem iniciace translace (start kodonem) a končí místo ukončení překladu (stop kodon).
Gen má kódující sekvenci (CDS). Skládá se z celkových exonů genu a start kodonu a stop kodonu. Je to skutečná část genu, která překládá a produkuje protein. Otevřený čtecí rámec nebo ORF je nukleotidová sekvence umístěná mezi start kodonem a stop kodonem. Uvnitř ORF není žádný stop kodon, který přerušuje genetický kód, který se převádí na protein. U prokaryot jsou CDS a ORF genu stejné.
Co je CDS?
CDS neboli kódující sekvence je část genu, která se ve skutečnosti převádí na protein. Skládá se z exonů a dvou kodonů známých jako AUG kodon a stop kodon. CDS neobsahuje dvě nepřeložené oblasti: 5' UTR a 3“UTR. Navíc introny nejsou součástí CDS.
Obrázek 01: Sekvence kódování
Ve srovnání s celým genomem jedince tvoří kódující sekvence malou část. Kódující sekvence se skládá z nezbytné nukleotidové sekvence pro vytvoření aminokyselinové sekvence proteinu. CDS jsou tedy koncentrované exony, které lze rozdělit na nukleotidové triplety nebo kodony. Kodony dávají vzniknout aminokyselinám.
Co je ORF?
Otevřený čtecí rámec neboli ORF je souvislý úsek nukleotidové sekvence, který začíná start kodonem a končí stop kodonem. Jednoduše řečeno, ORF označuje oblast nukleotidové sekvence umístěné mezi startovacím a stop kodonem. Mezi tím neexistuje žádný stop kodon přerušující ORF. Nukleotidová sekvence mezi start a stop kodonem kóduje aminokyseliny. Obecně je start kodon ATG, zatímco stop kodony jsou TAG, TAA a TGA. ORF poskytuje funkční protein, když je transkribován a translatován. ORF tedy zahrnuje start kodon, několik kodonů ve střední oblasti a stop kodon. Zajímavé je, že ORF má délku, kterou lze dělit třemi.
Obrázek 02: Otevřený rámec pro čtení
U prokaryot, protože neexistují žádné introny, je ORF kódující sekvence genu, který se přepisuje přímo do mRNA. Proto jsou CDS a PRF u prokaryot stejné. Při hledání genů v prokaryotech je snadné detekovat ORF a najít gen v prokaryotech. V eukaryotech, protože existují introny, je ORF kodonová sekvence, která se tvoří po zpracování nebo sestřihu RNA. ORF je důkazem, který napomáhá predikci genu, pokud je ORF pravděpodobně součástí genu.
Jaké jsou podobnosti mezi CDS a ORF?
- U prokaryot jsou CDS a ORF stejné.
- Oba mají startovací kodon a stop kodon.
- Mají určitý počet nukleotidů, které lze dělit třemi.
- Jakmile přeloží, vytvoří sekvence aminokyselin.
Jaký je rozdíl mezi CDS a ORF?
CDS je skutečná část genu, která se převádí na protein, zatímco ORF je úsek DNA mezi start kodonem a stop kodonem. Toto je klíčový rozdíl mezi CDS a ORF. Kromě toho CDS neobsahuje introny, ale ORF může obsahovat introny. CDS se plně přepisuje do kompletní sekvence mRNA, zatímco ORF může být součástí sekvence mRNA. Toto je další rozdíl mezi CDS a ORF.
Pod infografikou jsou vedle sebe uvedeny rozdíly mezi CDS a ORF.
Shrnutí – CDS vs ORF
CDS a ORF jsou dvě důležité části genu. CDS označuje skutečnou oblast DNA, která se převádí na protein. ORF je sekvence DNA, která začíná startovacím kodonem „ATG“a končí kterýmkoli ze tří terminačních kodonů (TAA, TAG nebo TGA). ORF může být součástí kompletní mRNA genu. Kódující sekvence genu se však přepisuje do úplné sekvence mRNA. Všechny CDS jsou ORF. Ale ne všechny ORF jsou CDS. Toto shrnuje rozdíl mezi CDS a ORF.
