Klíčový rozdíl mezi profilováním polysomů a profilováním ribozomů je v tom, že profilování polysomů analyzuje chování ribozomů pomocí ribozomů i mRNA (polysomů) během translace, zatímco profilování ribozomů analyzuje chování ribozomů pouze pomocí sekvence mRNA během translace.
Translace je druhá fáze syntézy proteinů, která převádí informace v mRNA na aminokyselinovou sekvenci. Translatomika je studium ORF (otevřené čtecí rámce), které jsou aktivně překládány v buňce organismu. Techniky profilování polysomů a ribozomů jsou dva typy technik v oblasti molekulární biologie pro hodnocení a odvození různých parametrů v kontextu analýzy translatomu.
Co je polysomální profilování?
Profilování polysomů je technika, která odvozuje stav translace specifické mRNA analýzou chování ribozomu i mRNA (polysomu). Jinými slovy, tato technika poskytuje data a závěry o asociaci mRNA s ribozomy. Polyzom označuje skupinu ribozomů navázaných na mRNA, která je přítomna během elongační fáze translace.
Obrázek 01: Polysome Profiling
Profilování polysomů vyžaduje buněčný lyzát, který se pak centrifuguje. Odstředěný vzorek je poté separován na základě jejich hustot, aby se charakterizovaly malé a velké podjednotky ribozomů a odpovídající mRNA podílející se na tvorbě polysomu. Kromě toho proces také zahrnuje měření optické hustoty. K provádění polysomálního profilování se vyžaduje experti.
Technika polysomového profilování je důležitým nástrojem pro mnoho aplikací. Vědci používají tuto techniku ke studiu stupně translace v buňkách. Konkrétněji jde o nástroj, který poskytuje přesné informace o studiu jednotlivých proteinů a jejich specifických mRNA. V kontextu studia stupně translace konkrétní mRNA je technika polysomového profilování životně důležitá. Zde lze zkoumat 3' a 5' sekvence mRNA s odkazem na jejich účinky na množství produkované mRNA a úroveň translace.
Co je profilování ribozomů?
Profilování ribozomů je technika, která analyzuje chování ribozomu s ohledem na jeho mRNA během translace. Tuto techniku našli a vyvinuli Joan Steitz a Marilyn Kozak. Později byla tato technologie dále vyvinuta dvěma vědci, Nicholasem a Jonathanem, v kombinaci se sekvenováním nové generace, což vedlo k vývoji různých souvisejících technik, jako je metodika Translating Ribosome Affinity Purification (TRAP).
Obrázek 02: Sekvenování ribozomů
Procedura profilování ribozomů zahrnuje izolaci mRNA, odstranění RNA, která není navázána na ribozomy, a oddělení mRNA navázané na ribozomy. Po tomto postupu je izolát mRNA reverzně transkribován a probíhá syntéza cDNA. Nakonec lze sekvenční data porovnat s translačním profilem, aby se odvodily charakteristiky chování ribozomů s ohledem na mRNA.
Profilování ribozomů pomáhá mnoha výzkumníkům identifikovat a odvodit umístění počátečních míst translace, komplementu přeložených otevřených čtecích rámců (ORF) v buňce nebo tkáni, distribuci ribozomů na mRNA a rychlost translace překládání ribozomů. Profilování ribozomů je také známé jako stopa ribozomů nebo Ribo Seq.
Jaké jsou podobnosti mezi profilováním polysomů a profilováním ribozomů?
- Profilování polysomů a ribozomů jsou techniky molekulární biologie důležité ve výzkumu.
- Poskytují informace o procesu překladu.
- Oba profilovací procesy poskytují data prostřednictvím analýzy překladu.
- Pro přesné výsledky jsou k provádění obou technik potřeba profesionální odborníci.
- Bioinformatické nástroje hrají v obou technikách důležitou roli.
Jaký je rozdíl mezi profilováním polysomů a profilováním ribozomů?
Profilování polysomů analyzuje chování ribozomů pomocí ribozomů i mRNA (polysomů) během translace, zatímco profilování ribozomů analyzuje chování ribozomů pouze pomocí sekvence mRNA během translace. Toto je klíčový rozdíl mezi profilováním polysomů a profilováním ribozomů. Navíc profilování polysomů zahrnuje techniky, jako je centrifugace s hustotním gradientem a měření optické hustoty, zatímco profilování ribozomů zahrnuje techniky extrakce mRNA a sekvenování. Také profilování ribozomů je přesnější než profilování polysomů.
Níže uvedená infografika představuje rozdíly mezi profilováním polysomů a ribozomů v tabulkové formě pro srovnání vedle sebe.
Shrnutí – Polysomové profilování vs ribozomové profilování
Translace je druhá fáze syntézy proteinů, která zahrnuje převedení informace o sekvenci mRNA na sekvenci aminokyselin. Tento proces vyžaduje templát mRNA, ribozomy, aminokyseliny, tRNA a další faktory. Profilování polysomů a ribozomů jsou dvě molekulární techniky. Polysomové profilování analyzuje chování ribozomů pomocí ribozomů i mRNA (polysomů) během translace, zatímco profilování ribozomů analyzuje chování ribozomů pouze pomocí sekvence mRNA během translace. Profilování polysomů zahrnuje techniky, jako je centrifugace s gradientem hustoty a měření optické hustoty. Profilování ribozomů zahrnuje techniky, jako je extrakce mRNA, syntéza cDNA a sekvenování. Toto shrnuje rozdíl mezi profilováním polysomů a profilováním ribozomů.
