Klíčový rozdíl mezi MLVA a MLST spočívá v tom, že MLVA používá k charakterizaci mikrobiálních druhů polymorfismus tandemově opakovaných sekvencí DNA, zatímco MLST používá k charakterizaci mikrobiálních druhů polymorfismus sekvencí DNA vnitřních fragmentů více provozních genů.
Mikrobiální typizace se běžně používá k určení zdroje a cest infekcí. Potvrzuje nebo vylučuje ohniska. Mikrobiální typizace také sleduje křížový přenos patogenů spojených se zdravotní péčí a rozpoznává virulentní kmeny. Mikrobiální typizace navíc hodnotí účinnost kontrolních opatření patogenních mikrobiálních druhů. MLVA a MLST jsou dvě molekulárně biologické techniky používané při mikrobiální typizaci.
Co je MLVA?
VNTR analýza více lokusů (MLVA) je molekulárně biologická metoda, která využívá polymorfismus tandemově opakovaných sekvencí DNA k charakterizaci mikrobiálních druhů. Je to metoda používaná pro genetickou analýzu konkrétních mikrobiálních druhů.
Během prvního kroku MLVA je každý cílený lokus VNTR amplifikován pomocí PCR s primery pro přilehlé oblasti. Poté jsou získané fragmenty rozděleny podle velikosti elektroforézou na kapilárním sekvenátoru. Genotypizace každého lokusu a výsledky sestavené z každého vzorku umožňují charakterizovat mikroorganismus, jehož druh je znám. Umožňuje také identifikaci poddruhu pomocí typizace alel a srovnání s databázemi MLVA.
Obrázek 01: MLVA
Tato metoda MLVA je selektivnější než metoda MLST. Kromě toho metoda MLVA nevyžaduje krok sekvenování DNA. Umožňuje tak odlišit blízké poddruhy nebo klonální druhy.
Co je MLST?
Multilocus sequence typing (MLST) je technika, která využívá polymorfismus sekvencí DNA vnitřních fragmentů více provozních genů k charakterizaci mikrobiálních druhů. MLST je technika v genetické analýze pro typizaci více lokusů.
Obrázek 02: MLST
Jedná se o typ sekvenční typizace používaný jako referenční technika k rozlišení různých kmenů mikrobiálních druhů. Tato metoda je založena na sekvenování provozních genů. Hospodářské geny normálně kódují esenciální proteiny mikrobiálních činitelů, jako jsou bakterie. Tyto sekvence provozních genů mají tu zvláštnost, že vykazují stabilní polymorfismus v průběhu času. Proto jsou rozdíly v sekvencích provozních genů dostatečné k tomu, aby se kmeny od sebe navzájem odlišily. Kromě toho bylo prvním vyvinutým schématem MLST Neisseria meningitidis, původce meningokokové meningitidy a septikémie. Od svého zavedení se MLST používá nejen pro lidské patogeny, ale také pro rostlinné patogeny.
Jaké jsou podobnosti mezi MLVA a MLST?
- MLVA a MLST jsou dvě molekulárně biologické techniky používané při mikrobiální typizaci.
- Obě techniky lze použít pro mikrobiální fylogenetickou analýzu.
- Obě techniky jsou založeny na genetickém polymorfismu.
- Mohou být použity pro detekci lidských onemocnění způsobujících mikrobiální patogeny.
- Obě techniky by měli provádět zkušení molekulární biologové.
Jaký je rozdíl mezi MLVA a MLST?
MLVA je technika, která využívá polymorfismus tandemově opakovaných sekvencí DNA k charakterizaci mikrobiálních druhů. Mezitím je MLST technika, která využívá polymorfismus sekvencí DNA vnitřních fragmentů více provozních genů k charakterizaci mikrobiálních druhů. Toto je klíčový rozdíl mezi MLVA a MLST. Kromě toho je metoda MLVA selektivnější než metoda MLST.
Níže uvedená infografika představuje rozdíly mezi MLVA a MLST v tabulkové formě pro srovnání vedle sebe.
Shrnutí – MLVA vs MLST
MLVA a MLST jsou dvě molekulárně biologické techniky používané při mikrobiální typizaci. MLVA využívá polymorfismus tandemově opakovaných sekvencí DNA k charakterizaci mikrobiálních druhů, zatímco MLST využívá polymorfismus sekvencí DNA vnitřních fragmentů více provozních genů k charakterizaci mikrobiálních druhů. Toto je klíčový rozdíl mezi MLVA a MLST.
