Klíčový rozdíl – gelová elektroforéza oproti stránce SDS
Gelová elektroforéza je technika, která odděluje makromolekuly v elektrickém poli. Je to běžná metoda v molekulární biologii k oddělení DNA, RNA a proteinů ze směsí podle jejich molekulové velikosti. SDS Page je typ gelové elektroforézy, která se používá k separaci proteinů ze směsi proteinů na základě jejich velikosti. Gelová elektroforéza je termín používaný k označení normální techniky používané pro separaci DNA, RNA a proteinů, zatímco SDS Page je jeden typ gelové elektroforézy. Toto je klíčový rozdíl mezi gelovou elektroforézou a SDS Page.
Co je gelová elektroforéza?
Gelová elektroforéza je běžná technika používaná v laboratořích k oddělení nabitých molekul, jako je DNA, RNA, proteiny atd., z jejich směsí. Gel se používá v gelové elektroforéze. Funguje jako molekulární síto. V gelové elektroforéze se používají dva typy gelů, a to agaróza a polyakrylamid. Výběr gelu a gelového přípravku jsou důležitými faktory, které je třeba vzít v úvahu při gelových elektroforézách, protože velikost pórů gelu by měla být pečlivě upravena pro dobrou separaci molekul gelovou elektroforézou. Gelová elektroforéza má elektrické pole spojené se dvěma konci gelu. Jeden konec gelu ukazuje kladný náboj, zatímco druhý konec je nabitý záporně.
DNA a RNA jsou záporně nabité molekuly. Jakmile jsou vloženy do gelu z negativního konce gelu a aplikovány na elektrické pole, migrují skrz gelové póry směrem ke kladně nabitému konci gelu. Rychlost migrace závisí na náboji a velikosti molekuly. Menší molekuly snadno migrují póry gelu než větší molekuly. Menší molekuly tedy cestují gelem na dlouhou vzdálenost a větší molekuly na krátkou vzdálenost. K pozorování pohybu molekul po gelu se používají speciální typy barviv. Elektrické pole je aplikováno po určitou dobu a zastaveno, aby se zabránilo ztrátě molekul a aby se molekuly udržely v jejich pohyblivých polohách. V gelu lze pozorovat různé pásy. Tyto pásy představují molekuly různých velikostí. Gelová elektroforéza je proto užitečná k rozlišení molekul podle jejich velikosti.
Gelová elektroforéza je začleněna do různých technik jako preparativní technika v molekulární biologii, jako je PCR, RFLP, klonování, sekvenování DNA, Southern blotting, mapování genomu atd.
Obrázek 01: Elektroforéza na agarózovém gelu
Co je stránka SDS?
Polyakrylamidová gelová elektroforéza s dodecylsulfátem sodným (SDS Page) je typ gelové elektroforézy používaný k separaci proteinů. Když se k separaci proteinů používá gelová elektroforéza, je potřeba speciální ošetření, protože proteiny nejsou negativně nabité jako DNA a RNA a nemigrují k pozitivnímu nebo negativnímu konci. Proto jsou proteiny denaturovány a potaženy negativním nábojem před gelovou elektroforézou. Provádí se pomocí detergentu zvaného dodecylsulfát sodný (SDS). Gelová elektroforéza, která používá SDS a polyakrylamidový gel jako podpůrné médium, je známá jako SDS Page. Tato technika se běžně používá v biochemii, genetice, forenzní a molekulární biologii.
Během SDS Page se proteiny mísí s SDS. SDS rozvine proteiny do lineárního tvaru a obalí je negativním nábojem úměrným jejich molekulové hmotnosti. V důsledku negativního náboje migrují proteinové molekuly směrem ke konci gelu s kladným nábojem a oddělují se podle své molekulové hmotnosti. Na stránce SDS je jako pevný nosič gelu použit polyakrylamid. Vlastní separace proteinů závisí především na vlastnostech gelu. Proto by měla být příprava polyakrylamidového gelu provedena opatrně a měly by být použity správné koncentrace polyakrylamidu. Polyakrylamidové gely vykazují vyšší rozlišení než agarózové gely. Proto je SDS Page považována za techniku s vysokým rozlišením pro separaci proteinů.
SDS Page je typ denaturační gelové elektroforézy. Má velké omezení v analýze proteinů. Protože SDS před separací denaturuje proteiny, neumožňuje detekci enzymatické aktivity, vazebných interakcí proteinů, proteinových kofaktorů atd.
Obrázek 02: Stránka SDS
Jaký je rozdíl mezi gelovou elektroforézou a stránkou SDS?
Gelová elektroforéza vs stránka SDS |
|
| Gelová elektroforéza je metoda prováděná k oddělení makromolekul pomocí elektrického pole. | SDS Page je technika gelové elektroforézy s vysokým rozlišením používaná k separaci proteinů na základě jejich hmotnosti. |
| Gel Run | |
| Lze provádět vodorovně nebo svisle. | Stránka SDS běží vždy vertikálně. |
| Základ pro oddělení | |
| K oddělení dochází podle nabití a velikosti. | Oddělování bílkovin probíhá podle hmotnosti a náboje. |
| Rozlišení | |
| Agarózová gelová elektroforéza má nízké rozlišení a polyakrylamidová gelová elektroforéza má vyšší rozlišení | Stránka SDS má lepší rozlišení. |
| Denaturace | |
| Gelová elektroforéza zahrnuje denaturační i nedenaturační techniky. | SDS Page denaturuje proteiny před separací. |
Shrnutí – Gelová elektroforéza vs strana SDS
Gelová elektroforéza je běžná technika používaná pro separaci a analýzu DNA, RNA a proteinů na základě jejich velikosti a náboje. Existují dva hlavní typy gelové elektroforézy, a to elektroforéza na agarózovém gelu a elektroforéza na polyakrylamidovém gelu. Agarózové gely se používají především pro separaci nukleových kyselin; při požadavku na vyšší rozlišení se používají polyakrylamidové gely. SDS Page je typ gelové elektroforézy běžně používaný k separaci komplexních směsí proteinů. Je považována za techniku separace proteinů s vysokým rozlišením. Toto je rozdíl mezi gelovou elektroforézou a stránkou SDS.
