Klíčový rozdíl mezi molekulárním dokováním a skórováním je v tom, že dokování je technika používaná k určení vazebné afinity mezi dvěma molekulami, zatímco skórování je proces hodnocení konkrétní pozice počítáním počtu příznivých intermolekulárních interakcí.
Pojmy molekulární dokování a skórování se používají v oblasti molekulárního modelování. Molekulární modelování je technika používaná k určení možných uspořádání různých molekul v dané látce. Tato technika je důležitá při vytváření nových stabilních sloučenin.
Co je molekulární dokování?
Molecular docking je počítačová simulace vazby kandidáta ligandu na receptor. Tato metoda předpovídá preferovanou orientaci jedné molekuly k jiné molekule, když jsou vzájemně navázány za vzniku stabilního komplexu. Výsledky získané touto technikou lze použít k predikci síly asociace nebo vazebné afinity mezi dvěma molekulami. Zde je také důležitá funkce molekulárního bodování.
Obrázek 01: Jednoduchý diagram ukazující proces molekulárních interakcí v biologických systémech
Obecně tato technika bere v úvahu biologicky relevantní molekuly, jako jsou proteiny, peptidy, nukleové kyseliny, sacharidy a lipidy. Tyto molekuly jsou velmi důležité a hrají důležitou roli v mechanismech přenosu signálu v našem těle. Orientace dvou molekul, které se budou vázat pro tento proces přenosu signálu, tedy ovlivňuje typ signálu produkovaného zde. To znamená; molekulární dokování je důležité při určování síly i typu signálu produkovaného během přenosu signálu v biologických systémech.
Při navrhování léků založených na struktuře jsou navíc důležité techniky molekulárního dokování. To je způsobeno jeho předvídatelností vazebné konformace malých molekul, jako jsou ligandy, na vhodné vazebné místo.
Co je molekulární bodování?
Molekulární skórování je typ matematické funkce, která je užitečná při hodnocení postupu molekulárního dokování. V oblasti výpočetní chemie se skórovací funkce používají k predikci vazebné afinity mezi dvěma molekulami po procesu dokování. Například, pokud máme malou molekulu částicového léčiva a existuje biologický cíl, jako je protein, můžeme vyhodnotit afinitu léčiva k vazebnému místu. Kromě toho lze molekulární skórování použít k predikci intermolekulárních interakcí mezi dvěma proteiny nebo mezi proteinem a molekulami DNA.
Obrázek 02: Funkce hodnocení ve zkratce
Hlavní uplatnění molekulárního bodování je v procesech navrhování léků – například virtuální screening, de novo navrhování, optimalizace potenciálních zákazníků atd.
Jaký je rozdíl mezi molekulárním dokováním a skórováním?
Molekulární dokování a skórování jsou důležité při molekulárním modelování. Klíčový rozdíl mezi molekulárním dokováním a skórováním je v tom, že dokování je technika používaná k určení vazebné afinity mezi dvěma molekulami, zatímco skórování je proces hodnocení konkrétní pozice počítáním počtu příznivých intermolekulárních interakcí.
Následující infografika shrnuje rozdíl mezi molekulárním dokováním a skórováním.
Shrnutí – Molekulární dokování vs bodování
Molekulární dokování a skórování jsou důležité při molekulárním modelování. Klíčový rozdíl mezi molekulárním dokováním a skórováním je v tom, že dokování je technika používaná k určení vazebné afinity mezi dvěma molekulami, zatímco skórování je proces hodnocení konkrétní pozice počítáním počtu příznivých intermolekulárních interakcí.
