Klíčový rozdíl mezi DNA a RNA sondami je ten, že DNA sondy jsou fragmenty DNA, které jsou komplementární k cílovým nukleotidovým sekvencím, zatímco RNA sondy jsou úseky jednovláknové RNA, což jsou komplementární sekvence nukleové kyseliny cílových sekvencí.
Sonda je uměle syntetizovaná krátká sekvence DNA nebo RNA, kterou lze označit radioaktivně nebo neradioaktivními molekulami. Může mít délku 100 až 1000 bází. Sondy jsou užitečné při detekci cílových nukleotidových sekvencí, které jsou komplementární k sekvenci sondy. Po přidání se sondy hybridizují s komplementárními sekvencemi nebo cílovými sekvencemi a zviditelní je pro identifikaci cílových sekvencí, protože nese radioaktivitu. Sondy jsou důležitými molekulárními nástroji v mnoha mikrobiálních a molekulárních oblastech, jako je detekce genetických onemocnění, virologie, forenzní patologie, testování otcovství, DNA fingerprinting, RFLP, molekulární cytogenetika, hybridizace in situ atd.
Co jsou sondy DNA?
Sondy DNA jsou jednovláknové úseky DNA. Mohou být použity k detekci přítomnosti komplementárních sekvencí nukleové kyseliny (cílových sekvencí) hybridizací. Jakmile DNA sonda hybridizuje se svou komplementární sekvencí, vytvoří dvouvláknový hybrid. Pro jejich detekci jsou DNA sondy obecně značeny radioizotopy, biotinem, epitopy nebo fluorofory. DNA sondy značené biotinem lze detekovat streptavidinem značenou alkalickou fosfatázou řadou enzymatických a chemických metod.
Obrázek 01: DNA sonda
Sekvence nukleotidů DNA sondy je známá. Jsou to krátké sekvence o délce 100 až 1000 párů bází. Dlouhé DNA sondy mohou být generovány technologií rekombinantní DNA. Mohou být také vytvořeny pomocí PCR a klonování. V laboratořích klinické mikrobiologie jsou DNA sondy snadno dostupné pro rychlou diagnostiku infekčních onemocnění.
Co jsou sondy RNA?
Sondy RNA jsou jednovláknové úseky RNA. Jsou to komplementární sekvence k cílovým sekvencím ve vzorku. Běžně se syntetizují s RNA polymerázami z bakteriofágů SP6, T7 nebo T3 in vitro transkripcí DNA. Dlouhé RNA sondy mohou být vytvořeny in vitro transkripcí z linearizované plazmidové DNA. Obecně se sondy RNA vážou silně a těsněji ke svým komplementárním sekvencím než sondy DNA. Podobně jako DNA sondy mohou být RNA sondy také značeny, když jsou transkribovány.
Jaké jsou podobnosti mezi sondami DNA a RNA?
- Sondy DNA i RNA jsou jednovláknové nukleotidové sekvence.
- Oba jsou uměle navrženy a syntetizovány.
- Navíc mohou být značeny radioizotopy, epitopy, biotinem nebo fluorofory.
- Mají silnou afinitu ke specifické cílové sekvenci DNA nebo RNA.
- Používají se v různých blotovacích a in situ hybridizačních technikách pro detekci cílových sekvencí nukleových kyselin.
- Oba typy sond lze hybridizovat s jejich komplementárními sekvencemi.
- Používají se také při identifikaci mikroorganismů a diagnostice infekčních, dědičných a jiných nemocí.
Jaký je rozdíl mezi sondami DNA a RNA?
DNA sonda je krátký úsek DNA, který je komplementární k cílové sekvenci. Na druhé straně, RNA sonda je krátký jednovláknový úsek RNA komplementární k cílové sekvenci. Toto je klíčový rozdíl mezi sondami DNA a RNA. Kromě toho DNA sondy obsahují A, T, C a G, zatímco sondy RNA obsahují A, U, C a G.
Dalším rozdílem mezi sondami DNA a RNA je navíc jejich termodynamická stabilita. Sondy RNA vykazují větší termodynamickou stabilitu ve srovnání se sondami DNA.
Infografika níže uvádí důležité rozdíly mezi sondami DNA a RNA.
Shrnutí – DNA vs RNA sondy
Sonda je malý fragment DNA nebo RNA používaný k detekci přítomnosti specifické sekvence ve vzorku DNA nebo RNA molekulární hybridizací. DNA sondy jsou krátké jednovláknové DNA fragmenty, zatímco RNA sondy jsou krátké jednovláknové RNA sekvence. Jsou to známé sekvence. Termodynamická stabilita je u RNA sond větší než u DNA sond. RNA sondy se vážou těsně ke svým komplementárním sekvencím než DNA sondy. Toto shrnuje rozdíl mezi sondami DNA a RNA.
