Klíčový rozdíl mezi xylenkyanolem a bromfenolovou modří je ten, že v 1% agarózovém gelu xylenkyanol migruje pomaleji, zatímco bromfenolová modř rychleji.
Xylenkyanol a bromfenolová modř jsou důležité jako barevné markery, které lze použít při monitorování procesu elektroforézy na agarózovém gelu a elektroforézy na polyakrylamidovém gelu.
Co je to xylenkyanol?
Xylenkyanol je elektroforetický barevný marker nebo sledovací barvivo. Je užitečný při monitorování procesu elektroforézy na agarózovém gelu a elektroforézy na polyakrylamidovém gelu. Když se tato látka smíchá se vzorkem, koncentrace této látky se obvykle stane kolem 0.005 % až 0,03 %. Některá synonyma, která můžeme použít pro xylenkyanol, zahrnují Acid Blue 147, xylenkyanol, xylenkyanol FF, xylenkyanol FF atd.
Chemický vzorec této sloučeniny je C25H27N2NaO 6S2 Molární hmotnost xylenkyanolu je 538,61 g/mol. Tato látka může migrovat rychlostí asi 4 – 5 kB fragmentů DNA v 1% agarózových gelech. To však závisí na vyrovnávací paměti, kterou používáme. Typicky může xylenkyanol na 6% polyakrylamidovém gelu migrovat rychlostí přibližně 140 párů bází fragmentů DNA. Na druhou stranu může migrovat 20% denaturační elektroforézou na polyakrylamidovém gelu rychlostí 25 bází oligonukleotidu.
Počet donorů vodíkových vazeb u xylenkyanolu je 2 m a počet akceptorů vodíkových vazeb je 8. Počet otočných vazeb u této sloučeniny lze uvést jako 7. Složitost xylenkyanolu lze popsat jako 1120 stupňů. Má definovaný počet stereocenter vazby 1.
Co je bromfenolová modř?
Bromfenolová modř je užitečný indikátor pH, který je užitečný jako elektroforetický barevný marker a barvivo. Má chemický název 3', 3", 5', 5"-tetrabromfenolsulfonftalein, BPB. Chemický vzorec této sloučeniny je C19H10Br4O5 S. Molární hmotnost této sloučeniny je 669,96 g/mol. Je bez zápachu a jeho hustota může být 2,2 g/ml. Jeho bod tání je 273 stupňů Celsia a jeho bod varu je 279 stupňů Celsia. Můžeme ji připravit pomalým přidáváním přebytku bromu do horkého roztoku fenolsulfonftaleinu v ledové kyselině octové.
Bromfenolová modř je užitečná jako acidobazický indikátor v rozmezí pH 3,0 až 4,6. Je schopen se změnit ze žluté při pH 3,0 na pH 4,6. Navíc jde o vratnou reakci. Strukturně je bromfenolová modř podobná fenolftaleinu.
Kromě toho jej můžeme použít jako barevný marker pro sledování procesu elektroforézy na agarózovém gelu a elektroforézy na polyakrylamidovém gelu. Tato látka může nést negativní náboj při mírném pH, kde může migrovat stejným směrem jako DNA nebo protein v gelu. Rychlost migrace se může měnit podle hustoty gelu a složení pufru. V typickém 1% agarózovém gelu v 1-násobném TAE pufru nebo TBE pufru však tato látka migruje stejnou rychlostí jako fragment DNA o přibližně 300 párech bází.
Jaký je rozdíl mezi xylenkyanolem a bromfenolovou modří?
Xylenkyanol a bromfenolová modř jsou důležité barevné značky. Klíčový rozdíl mezi xylenkyanolem a bromfenolovou modří je v tom, že v 1% agarózovém gelu xylenkyanol migruje pomaleji, zatímco bromfenolová modř migruje rychleji.
Níže je shrnutí rozdílu mezi xylenkyanolem a bromfenolovou modří ve formě tabulky pro srovnání vedle sebe.
Shrnutí – Xylenkyanol vs bromfenolová modř
Xylenkyanol a bromfenolová modř jsou důležité jako barevné markery používané při monitorování procesu elektroforézy na agarózovém gelu a elektroforézy na polyakrylamidovém gelu. Klíčový rozdíl mezi xylenkyanolem a bromfenolovou modří je v tom, že v 1% agarózovém gelu xylenkyanol migruje pomaleji, zatímco bromfenolová modř migruje rychleji.
