Klíčový rozdíl – stohovací gel a separační gel
Pojmy stohovací gel a separační gel se používají k vysvětlení techniky SDS-PAGE. SDS-PAGE neboli elektroforéza na polyakrylamidovém gelu s dodecylsulfátem sodným je laboratorní technika, která se používá k separaci molekul proteinů na základě jejich molekulových hmotností. Teorie za touto technikou je, že proteiny s různými molekulovými hmotnostmi vykazují různé rychlosti migrace; molekuly s nízkou molekulovou hmotností migrují rychleji, zatímco molekuly s vysokou molekulovou hmotností migrují pomalu. Médium pro migraci je gel. Existují dva typy gelů pojmenované jako stohovací gel a separační gel. Klíčový rozdíl mezi stohovacím gelem a separačním gelem je ten, že pH stohovacího gelu je 6,8, zatímco pH separačního gelu je 8,8.
Co je Stacking Gel?
Stacking gel je nízko koncentrovaný polyakrylamidový gel, který se v technice SDS-PAGE umístí na vrch koncentrovanějšího rozlišovacího gelu (separačního gelu). Stohovací gel se používá ke zlepšení rozlišení elektroforézy. Rozlišení se zvyšuje kvůli rozdílu mezi koncentracemi stohovacího gelu a rozlišovacího gelu, které ovlivňují proteiny ve vzorku. Protože je koncentrace polyakrylamidu ve stohovacím gelu nízká, velikost pórů je vyšší. To také pomáhá zvýšit separaci.
Stohovací gel je sypký polyakrylamidový gel s velkými póry obsahujícími asi 7 % polyakrylamidu. Tyto póry nepůsobí jako značná bariéra pro velké proteinové molekuly. Tento gel tedy mírně ovlivňuje mobilitu těchto proteinů. To umožňuje separaci podle mobility a velikosti proteinu jejich koncentrací mezi dva gely.
Obrázek 01: SDS-PAGE Akrylamidový gel
Hodnota pH stohovacího gelu je 6,8. Jeho pH je kyselé než u rozpouštěcího gelu o 2 jednotky pH. Toto pH znamená nižší iontovou sílu a tím vyšší elektrický odpor. To vyvolává mobilitu proteinů než jiné nabité částice přítomné v gelu.
Co je separační gel?
Separační gel nebo rozpouštěcí gel techniky SDS-PAGE je vysoce koncentrovaný polyakrylamidový gel, který je umístěn na vrchní část nízkokoncentrovaného stohovacího gelu. Separační gel obsahuje vysoké množství polyakrylamidu (10 %). pH tohoto gelu je udržováno na hodnotě pH=8,8, což je vyšší úroveň pH než u stohovacího gelu.
Obrázek 02: Přístroj pro gelovou elektroforézu
Když molekuly proteinu dosáhnou separačního gelu, migrace těchto molekul se zpomalí, protože separační gel je gel o vysoké koncentraci s malou velikostí pórů, který může působit jako značná bariéra pro pohyb molekul proteinu. Toto zpomalení umožňuje ostatním proteinům migrovat pomalu, aby je dohnaly, což má za následek úzký, koncentrovaný pás mezi dvěma gely.
Jaký je vztah mezi stohovacím gelem a separačním gelem?
V jednom přístroji se používají oba typy stohovacího gelu i separačního gelu
Jaký je rozdíl mezi stohovacím gelem a separačním gelem?
Stohovací gel vs separační gel |
|
| Stacking gel je nízko koncentrovaný polyakrylamidový gel, který se umístí na vršek koncentrovanějšího rozlišovacího gelu (separačního gelu) technikou SDS-PAGE. | Separační gel nebo rozpouštěcí gel techniky SDS-PAGE je vysoce koncentrovaný polyakrylamidový gel, který je umístěn na vrchní část nízkokoncentrovaného stohovacího gelu. |
| Umístění | |
| Stohovací gel se umístí na rozlišovací (separační) gel. | Separační gel se umístí na dno nádoby používané pro gelovou elektroforézu. |
| Koncentrace | |
| Koncentrace stohovacího gelu je vysoká. | Koncentrace separačního gelu je nízká. |
| Obsah polyakrylamidu | |
| Stohovací gel obsahuje asi 7 % polyakrylamidu. | Separační gel obsahuje asi 10 % polyakrylamidu. |
| pH | |
| Ph stohovacího gelu je 6,8. | Pl separačního gelu je 8,8. |
| Velikost pórů | |
| Ve stohovacím gelu jsou velké póry. | V separačním gelu jsou malé póry. |
| Rozlišení | |
| Stohovací gel poskytuje lepší rozlišení. | Separační gel poskytuje špatné rozlišení. |
Shrnutí – Stohovací gel vs Separační gel
Stohovací gel a separační gel jsou dva typy polyakrylamidových gelů, které se používají k lepší separaci proteinových molekul v daném vzorku. Rozdíl mezi stohovacím gelem a separačním gelem je ten, že pH stohovacího gelu je 6,8, zatímco pH separačního gelu je 8,8.
