Klíčový rozdíl mezi BLAST a FastA je v tom, že BLAST je základní nástroj pro zarovnání dostupný na webových stránkách Národního centra pro biotechnologické informace, zatímco FastA je nástroj pro vyhledávání podobnosti dostupný na webových stránkách Evropského bioinformatického institutu.
BLAST a FastA jsou dva programy, které se široce používají k porovnání biologických sekvencí DNA, aminokyselin, proteinů a nukleotidů různých druhů a hledání jejich podobností. Tyto algoritmy byly napsány s ohledem na rychlost. Protože když se vědcům v polovině 80. let podařilo izolovat DNA v laboratoři, vyvolalo to potřebu porovnávat a nacházet identické geny pro další výzkum vysokou rychlostí. Proto byly tyto dva softwary vyvinuty tak, aby uživatel mohl rychle vyhledávat sekvence podobné těm z jejich dotazovacích sekvencí.
BLAST je zkratka pro Basic Local Alignment Search Tool a používá lokalizovaný přístup při porovnávání těchto dvou sekvencí. FastA je software odkazující na Fast A, kde A znamená vše. Zde software pracuje s abecedami jako Fast A pro sekvenování DNA a Fast P pro protein. BLAST i FastA jsou velmi rychlé při porovnávání jakékoli genomové databáze, a jsou proto velmi životaschopné jak z finančního hlediska, tak z hlediska úspory času.
Co je BLAST?
BLAST je jeden z nejrozšířenějších bioinformatických softwarů, který byl vyvinut v roce 1990. Od té doby je na webu NCBI k dispozici všem. Kromě toho má k tomuto softwaru přístup kdokoli a může jej používat. BLAST je navíc software, který potřebuje vstupní data nebo sekvence ve formátu FastA. Poskytuje však výstupní data ve formátu prostého textu, HTML nebo XML. BLAST funguje na principu hledání lokalizovaných podobností mezi dvěma sekvencemi a krátkým seznamem podobných sekvencí a poté hledá sousedské podobnosti.
Obrázek 01: Výsledky BLAST
Tento software tedy vyhledává velký počet podobných místních regionů a poskytuje výsledek při dosažení prahové hodnoty. Tento proces se však liší od dřívějšího softwaru, který nejprve prohledá celou sekvenci a poté provede porovnání, a proto zabral spoustu času.
Kromě výše uvedené kontroly podobnosti má BLAST mnoho dalších využití, jako je mapování DNA, porovnávání dvou identických genů u různých druhů, vytváření fylogenetického stromu atd.
Co je FastA?
FastA je software pro zarovnání proteinových sekvencí. David J. Lipman a William R. Pearson popsali tento software v roce 1985. Ačkoli počáteční použití tohoto softwaru bylo pouze k porovnání proteinových sekvencí, jeho upravená verze byla schopna porovnat i sekvence DNA. Zde tento software využívá principu statistického zjištění podobnosti mezi dvěma sekvencemi. Porovnává jednu sekvenci DNA nebo proteinu s jinou sekvencí metodou lokálního zarovnání sekvencí.
Obrázek 02: FastA
Hledá však místní oblasti pro podobnost, ale ne nejlepší shodu mezi dvěma sekvencemi. Protože tento software občas porovnává lokalizované podobnosti, může také přijít s neshodami. V sekvenci má FastA malou část známou jako k-tice, kde n-tice mohou být od 1 do 6 a shodují se s k-ticemi druhé sekvence. Na konci procesu párování, když dosáhne prahové hodnoty, vytvoří výsledek.
Jaké jsou podobnosti mezi BLAST a FastA?
- BLAST a FastA jsou bioinformatické nástroje používané k porovnání sekvencí proteinů a DNA pro podobnosti.
- Oba programy také používají k porovnání sekvencí bodovací strategii.
- Navíc oba nástroje poskytují vysoce přesné výsledky.
Jaký je rozdíl mezi BLAST a FastA?
BLAST je nástroj pro kontrolu podobnosti mezi biologickými sekvencemi. Na druhou stranu FastA je další program, který usnadňuje kontrolu podobnosti sekvencí proteinu a DNA. Ve srovnání s FastA je však software BLAST velmi populární, protože poskytuje přesnější a rychlejší výsledky. To je tedy rozdíl mezi BLAST a FastA. Navíc na rozdíl od FastA je program BLAST modifikovatelný podle potřeby uživatele. Proto je to další rozdíl mezi BLAST a FastA.
Níže uvedená infografika o rozdílech mezi BLAST a FastA poskytuje další podrobnosti.
Shrnutí – BLAST vs FastA
BLAST a FastA jsou dva programy, které umožňují uživateli porovnat svou sekvenci dotazů se sekvencemi ve stávajících databázích a zkontrolovat podobnosti. Původním účelem FastA bylo porovnat pouze proteinové sekvence. Upravená verze tohoto softwaru však usnadňuje srovnání sekvencí proteinů i DNA. Přestože je FastA dobrý software, většina lidí používá nástroj pro zarovnání BLAST, protože je populárnější a poskytuje přesnější a rychlejší výsledky než FastA. Nástroj BLAST je také modifikovatelný podle požadavků uživatele. Stručně řečeno, toto shrnuje rozdíl mezi BLAST a FastA.
